El Archivo de Simancas se organiza en secciones y fondos que abarcan todas las ramas de la administración de la Corona; más de la mitad del total de fondos son de tipo económico.

Patronato Real. El fondo más antiguo, formado con la documentación de la Casa Real, especialmente el patronato sobre instituciones eclesiásticas, pero también juramentos, capitulaciones, tratados internacionales, instrucciones, testamentos reales, correspondencia, etc.

Secretaría de Estado. La documentación del Consejo de Estado. Fundamentalmente, correspondencia y despachos sobre asuntos diversos, especialmente asuntos exteriores, expediciones militares, etc. Organizado por negociaciones: de España, Norte, Portugal, Inglaterra, Francia, Alemania, Flandes, Roma, Nápoles, Sicilia, Milán, Venecia, Toscana, Génova, Saboya, Italia, Dinamarca, Holanda, Suecia, etc.

Secretarías Provinciales. La documentación procedente de los antiguos Consejos de Italia, Portugal y Flandes, que no ha pasado al Archivo Histórico Nacional.

Visitas de Italia. Diversos procedimientos de investigación a las personas e instituciones de la administración española en Italia.

Consejo Real de Castilla. El más antiguo e importante de los Consejos españoles. Dividido en escribanías u oficinas de secretarios.

Cámara de Castilla. Una importante sección del Consejo Real de Castilla en la que se tratan asuntos del interés particular de los reyes. Incluye la interesante sección Diversos de Castilla.

Patronato eclesiástico. Documentación sobre nombramientos, rentas y visitas de los cargos eclesiásticos que por especial concesión del papado estaban a cargo de la monarquía.

Gracia y Justicia. El precedente del Ministerio de Justicia, establecido por la dinastía Borbón en 1714.

Registro del Sello de Corte o Registro General del Sello. Registro de la documentación emanada de la cancillería regia.

Casa Real — Obras y Bosques. Documentos sobre la gestión de la Real Casa.

Guerra y Marina. Tradicionalmente, Guerra Antigua. Documentación del Consejo de Guerra, desde el siglo XIV al XVIII.

Secretaría de Guerra. Equivalente al Ministerio de Guerra, creado por Felipe V en 1714. Su complemento es la documentación de la

Secretaría de Marina.

Los fondos económicos en conjunto contienen más de la mitad de todo el archivo. Son:

Consejo y Juntas de Hacienda. El Consejo de Hacienda, creado en 1523, generó una enorme cantidad de documentación. Se complementa con el fondo

Expedientes de Hacienda.

Escribanía Mayor de Rentas. Documentación sobre rentas reales y su administración.

Contaduría del Sueldo, Contaduría de Mercedes y Contadurías Generales, englobadas dentro de la Contaduría Mayor de Hacienda. El equivalente de la Hacienda para salarios, mercedes y asuntos generales (registro, ingresos y gastos, rentas del reino, etc.).

Contaduría Mayor de Cuentas. La intervención de Hacienda.

Comisaría de Cruzada. La bula de Cruzada facultaba a los reyes de España para disponer de un ingreso especial destinado, en principio, al sostenimiento de la lucha contra los musulmanes. Sixto IV concedió a los Reyes Católicos una bula de Cruzada para facilitar la financiación de la guerra de Granada en 1483, que se fueron prorrogando hasta constituir uno de los ingresos regulares de la Hacienda, gestionado por un consejo especial (el Consejo de Cruzada) y con su agencia económica, la Comisaría de Cruzada. El derecho se mantuvo hasta 1851 y se recaudó en todas las posesiones de la monarquía.

Secretaría y Superintendencia de Hacienda. El precedente del Ministerio de Hacienda, la Secretaría de Estado y del Despacho de Hacienda, fue creada por Felipe V en 1714. La documentación de la Superintendencia es un poco anterior (1687).

Dirección General del Tesoro. Compleja y extensa (siglos XVI al XIX) documentación procedente de varias dependencias de la Hacienda pero que recibe este nombre por haber ingresado en el archivo en 1850 desde la Dirección General del Tesoro. Toca prácticamente todos los ramos de la Hacienda.

Dirección General de Rentas. Con documentación sobre varias rentas de la Corona desde el siglo XV, unificadas en el mismo organismo en el siglo XVIII.

Tribunal Mayor de Cuentas. Diversos expedientes desde el siglo XVI al XVIII.

Consejo Supremo de Hacienda y de España e Indias. Documentación de los siglos XVIII y XIX.

Mapas, Planos y Dibujos. Alrededor de 7000 ejemplares en esta sección facticia, una de las más vistosas y solicitadas del archivo.

Varios. Fondo misceláneo con secciones de Juros Rasgados —deuda—, Galeras —cuentas de la armada de galeras del Mediterráneo, siglos XVI–XVIII—, Incorporado —miscelánea de Patronato Real—, Poderes y autorizaciones a embajadores y gobernadores, Inventarios antiguos, Autógrafos y notables —documentación autógrafa y/o relativa a Colón, Velázquez, Tiziano, Mary Stuart, Rubens, Ignacio de Loyola, Cervantes...—, Secretaría y Medina Sidonia —una colección de documentos de esa casa ducal—.

El archivo de Simancas contiene documentos relativos al Reino de Navarra.^[1]​