Los gobiernos liberales, especialmente el de Justo Rufino Barrios, emprendieron un vasto programa de reformas que abarcaron, entre otros aspectos, a la Iglesia, la economía y la educación. Los siguientes fueron los postulados liberales del gobierno de Barrios:^[1]​^[2]​

• Separación definitiva de la Iglesia y del Estado
• Supresión de diezmos y primicias obligatorios, a fin de restarle poder económico al clero secular, el cual dependía de los diezmos y no había sido expulsado del país.
• Extinción de las cofradías
• Instauración del matrimonio civil
• Secularización de cementerios
• Creación del registro civil
• Instauración de la enseñanza laica en todos los colegios de la república
• Instauración de la escuela primaria gratuita y obligatoria
• Reorganización de la universidad, para eliminar los cursos de teología.^[1]​

Sobre la base de estos preceptos, se expropiaron numerosos bienes a las órdenes del clero regular de la Iglesia católica, ya que era uno de los principales terratenientes y encomenderos conservadores; de esta forma, se eliminaba el poder del clero regular con la expulsión de las órdenes monásticas, se restringía el poder del clero secular y los arzobispos con la eliminación del diezmo obligatorio y los bienes se traspasaban a los líderes liberales.^[3]​ Los gobiernos liberales expropiaron los siguientes monasterios a las órdenes del clero regular, luego de derogar el Concordato de 1854 en el que el Estado guatemalteco se había comprometido a resguardar la propiedad privada de la Iglesia Católica:^[4]​^[5]​

• Colegio y Seminario Tridentino de Nuestra Señora de la Asunción: convertido en el Instituto Nacional Central para Varones
• Colegio Mayor de los Paulinos: convertido en la Escuela Normal Central para Varones y posteriormente en la Escuela Facultativa de Medicina del Centro
• Convento de Belén: convertido en el Sección Normal del Colegio de Niñas
• Convento de la Recolección: convertido en la Escuela Politécnica
• Convento de Santa Teresa: convertido en cárcel de mujeres^[6]​
• Convento de San Francisco: convertido en cárcel para hombres y cuartel de policía^[6]​
• Convento de Santo Domingo: convertido en el Conservatorio Nacional de Música^[7]​ y luego en la Dirección General de Rentas Internas^[8]​
• Escuela eclesiástica de primeras letras «San José de Calazans»: Colegio «El Progreso» y luego la Escuela Nacional de Música y Declamación.^[9]​

En enero de 1875 se fundó el Instituto Nacional Central para Varones^[a]​ con las mmg asignaturas de gramática y literatura, aritmética, trigonometría y topografía, dibujo lineal, teneduría de libros, física, mecánica, agricultura, historia natural, anatomía, fisiología e higiene, anatomía y fisiología comparadas, filosofía y pedagogía, latín, francés e inglés, derechos y deberes del ciudadano y calistenia; un programa positivista completo.^[10]​^[11]​ El movimiento del positivismo afectó a toda la población culta porque estaba dirigido tanto a la escuela primaria como a la secundaria, y la ley disponía que la primera fuese obligatoria, laica y gratuita. En la Escuela Politécnica se establecieron carreras de topógrafo, ingeniero de minas, ingeniero de montes, agrimensor, arquitecto, telegrafista y tenedor de libros.^[12]​ El movimiento educativo positivista se completó con la publicación y traducción de importantes obras de texto y con la publicación de periódicos como La educación del pueblo y El Instituto Nacional.^[12]​

El despacho de Educación estuvo en manos de los intelectuales hondureños Marco Aurelio Soto y Ramón Rosa, quienes alternaban sus funciones entre el y su despacho de Relaciones Exteriores.[13]​ El pensamiento de ambos intelectuales liberales, fuertemente anticlerical, quedó reflejado en las reformas liberales en educación y religión en Guatemala, y se resume en estas líneas escritas por Rosa en 1882: «En América, en donde la instrucción popular se difunde con la celeridad de la luz, y en donde no existen, como en Europa, muy arraigados y tradicionales intereses religiosos, que dan poder y privilegios a numerosas clases sociales; en nuestra América, en donde la libertad de conciencia es ya una conquista definitiva: todas, todas las religiones positivas tienen que desaparecer, en no remoto día, con sus artificiosos y contradictorios dogmas, con sus litúrgicos aparatos teatrales, con sus sangrientas historias, con sus egoístas y mal disfrazados intereses mundanos, con sus hipócritas santidades, con sus privilegiadas y ensoberbecidas castas, y con sus execrables tiranías [...]».[14]​[15]​ En 1876, ambos serían instalados por Barrios en Honduras como Presidente y secretario General de Gobierno, respectivamente, y gobernaron hasta 1883 cuando el mismo Barrios atacó a Honduras.[1]​ En julio de 1875 Barrios extinguió la Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo y en su lugar creó la Universidad Nacional de Guatemala, con las Facultades de Jurisprudencia y Ciencias Políticas y Sociales, y Medicina y Farmacia; la ley orgánica y reglamentaria de instrucción pública decretaba que, en esta última, el estudio de la fisiología debía efectuarse de una manera filosófica, con todas las teorías modernas sobre la ciencia y, en cuanto fuese posible, de modo experimental.[12]​ En 1877 el gobierno fundó la Universidad de Occidente, la cual contaba con la Escuela Facultativa de Derecho y Notario de Occidente.[16]​[17]​ En 1879 fundó la Biblioteca Nacional de Guatemala[18]​[19]​ y las facultades de Ingeniería, Filosofía y Literatura. El plan de estudios de la facultad de Literatura incluía: psicología y lógica, ética e historia de la filosofía, lengua y literatura latina, gramática castellana, literatura española y americana y literatura inglesa y alemana.[12]​