• 1977. Naturaleza Canaria en el "Natura y Cultura de las Islas Canarias" ISBN 8440052936

• 1979. Árboles de Canarias. Ed. Interinsular Canaria, 43 pp. ISBN 8485543084

• 1980. Contribución al conocimiento de la flora y vegetación de la isla de El Hierro: (J. Canarias). Fundación Juan March, 51 pp. ISBN 8470751565

• 1983. Vegetación y flora de La Palma. Editorial Interinsular Canaria, 348 pp. ISBN 8485543432

• 1989. The biology, status and conservation of the monk seal (Monachus monachus): final report to the Council of Europe, Palais de l'Europe. Strasbourg, octubre de 1988, Vols. 41-49. Con Brian Groombridge, Didier Marchessaux, Ian David Gauld, Martin C. D. Speight, Miguel Delibes, Peter S. Maitland, Urs Breitenmoser, W. Flückiger, Christine Breitenmoser-Würsten. Environment Conservation and Management Division. Editor Council of Europe, 46 pp. ISBN 9287116628

• 1990. Bosques de Laurisilva en la región macaronésica. N.º 49 de Sauvegarde de la nature. Editor Conseil de l'Europe, 79 pp. ISBN 9287118779

• 1994. Pre-Linnaean References for the Macaronesian Flora Found in Leonard Plukenet's Works and Collections. Volumen 24, N.º 1 de Bulletin of the Natural History Museum. Con J. Francisco-Ortega, Charles E. Jarvis, Charles E. Ziavras. Editor Intercept, 34 pp.

• 1999. Origen y evolución de la flora canaria en "Ecología y cultura en Canarias"

• 2002. Investigaciones fitoquímicas en plantas Canarias. Con Áurea Valera Molina. Editor Fundación Ramón Areces, 385 pp.

Santos Guerra ha publicado como autor o coautor más de cincuenta artículos, además de otros de carácter divulgativo y participaciones en congresos, charlas y conferencias.^[1]​

• Fairfield, K. N., Mort, M. E. & Santos-Guerra, A. 2004. Phylogenetics and evolution of the Macaronesian members of the genus Aichryson (Crassulaceae) inferred from nuclear and chloroplast sequence data. Pl. Syst. Evol. 248: 71–83

• Allan, G. J., Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A., Boerner E. & Zimmer, E. A. 2004. Molecular phylogenetic evidence for the geographic origin and classification of Canary Island Lotus (Fabaceae: Loteae). Molec. Phylog. Evol. 32: 123–138

• Goertzen, L. R., Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A., Mower, J. P., Linder, C. R. & Jansen, R. K. 2002. Molecular systematics of the Asteriscus alliance (Asteraceae: Inuleae) II: combined nuclear and chloroplast data. Syst. Bot. 27: 815–823

• Francisco-Ortega, J., Fuertes-Aguilar, J., Kim, S.-C., Santos-Guerra, A., Crawford, D. J. & Jansen, R. K. 2002. Phylogeny of the Macaronesian endemic Crambe section Dendrocrambe (Brassicaceae) based on internal transcribed spacer sequences of nuclear ribosomal DNA. Amer. J. Bot. 89: 1984–1990

• Fuertes-Aguilar, J., Ray, M. C., Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A. & Jansen, R. K. 2002. Molecular evidence from chloroplast and nuclear markers for multiple colonizations of Lavatera (Malvaceae) in the Canary Islands. Syst. Bot. 27: 74–83

• Francisco-Ortega, J., Barber, J. C., Santos-Guerra, A., Febles-Hernández, R. & Jansen, R. K. 2001. Origin and evolution of the endemic genera of Gonosperminae (Asteraceae: Anthemideae) from the Canary Islands: evidence from nucleotide sequences of the internal transcribed spacers of the nuclear ribosomal DNA. Amer. J. Bot. 88: 161–169

• Francisco-Ortega, J. & Santos-Guerra, A. 2001. Genes y conservación de plantas vasculares. Pp. 357–365 in: Fernández-Palacios, J. M. & Martín-Esquivel, J. L. (eds.), Naturaleza de las Islas Canarias. Ecología y conservación. Publicaciones Turquesa, Santa Cruz de Tenerife

• Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A., Kim, S.-C. & Crawford, D. J. 2000. Plant genetic diversity in the Canary Islands: a conservation perspective. Amer. J. Bot. 87: 909–919

• Barber, J. C., Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A., Marrero, A. A. & Jansen, R. K. 2000. Evolution of endemic Sideritis (Lamiaceae) in Macaronesia: insights from a chloroplast DNA restriction site analysis. Syst. Bot. 25: 633–647

• Helfgott, D. M., Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A., Jansen, R. K. & Simpson, B. B. 2000. Biogeography and breeding system evolution of the woody Bencomia alliance (Rosaceae) in Macaronesia based on ITS sequence data. Syst. Bot. 25: 82–97

• j.l. Panero, j. Francisco-Ortega, r.k. Jansen, a. santos-Guerra. 1999. ``Molecular evidence for multiple origins of woodiness and a New World biogeographic connection of the Macaronesian Island endemic Pericallis (Asteraceae: Senecioneae). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 13886–13891

• Francisco-Ortega, J., Santos-Guerra, A., Hines, A. & Jansen, R. K. 1997. Molecular evidence for a Mediterranean origin of the Macaronesian endemic genus Argyranthemum (Asteraceae). Amer. J. Bot. 84: 1595–1613

• Francisco-Ortega, J., Jansen, R. K. & Santos-Guerra, A. 1996. Chloroplast DNA evidence of colonization, adaptiveradiation and hybridization in the evolution of the Macaronesian flora. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93: 4085–4090