La distribución de los clubes se basó en su Coeficientes UEFA 2025. El sorteo tuvo lugar el 17 de junio de 2025.^[1]​

{{lista de columnas|2|

Cabezas de Serie

Grupo 1

•   HJK CC: 12.500
•   Paide Linnameeskond CC: 7.000
•   St Patrick's Athletic CC: 5.500
•   Vllaznia CC: 5.000

Grupo 2

•   Petrocub Hîncești CC: 8.500
•   Ordabasy CC: 4.500
•   Dečić Tuzi CC: 4.000
•   Urartu CC: 4.000

Grupo 3

•   F91 Dudelange CC: 7.000
•   La Fiorita CC: 5.500
•   Sutjeska Nikšić CC: 5.500
•   Koper CC: 1.500

Grupo 4

•   Flora Tallin CC: 11.500
•   KÍ Klaksvik CC: 11.000
•   Larne CC: 7.000
•   Kauno Žalgiris CC: 5.000

Grupo 5

•   Víkingur Reykjavík CC: 10.750
•   Partizani CC: 6.500
•   Floriana CC: 4.500
•   St. Joseph's CC: 4.000

Grupo 6

•   Borac CC: 13.625
•   Pyunik CC: 8.500
•   Torpedo Zhodino CC: 4.000
•   Dila Gori CC: 4.000

No Cabezas de Serie

Grupo 1

•   NSÍ Runavík CC: 4.250
•   Bruno's Magpies CC: 3.500
•   Hegelmann CC: 3.225
•   Daugavpils CC: 0.250

Grupo 2

•   Torpedo Kutaisi CC: 6.750
•   Birkirkara CC: 4.500
•   Neman Grodno CC: 3.500
•   Sileks CC: 2.750

Grupo 3

•   Atlètic Club d'Escaldes CC: 3.500
•   Željezničar CC: 1.500
•   Dinamo Brest CC: 1.500
•   Vardar CC: 0.000

Grupo 4

•   [[CC:
•   [[CC:
•   [[CC:
•   [[CC:

Grupo 5

•   [[CC:
•   [[CC:
•   [[CC:
•   [[CC:

Grupo 6

•   [[CC:
•   [[CC:
•   [[CC:
•   [[CC:

}}