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El Sport Boys Association tuvo 37 presidentes a lo largo de toda su vida institucional, siendo todos ellos de nacionalidad peruana. El presidente que más tiempo estuvo en el puesto fue Jorge Labarthe Gonzales, llegando a estar 10 años a cargo del club.

En marzo de 2012 el club fue sometido a un Proceso Concursal Extraordinario debido a las deudas que mantiene al Estado siendo designada al mes siguiente una administración temporal.^[1]​ El último administrador temporal del club fue el ingeniero Adrián Alcocer, quien estuvo en el cargo entre abril y septiembre de 2025.^[2]​