• Año 2001
  • Mejor maquillaje en una serie por el episodio DeadAlive
• Año 2000
  • Mejor maquillaje en una serie por el episodio Thief
  • Mejor mezcla de sonido en una serie por el episodio First Person Shooter
  • Mejores efectos visuales en una serie por el episodio First Person Shooter
• Año 1999
  • Mejor maquillaje en una serie por el episodio Two Fathers/One Son
• Año 1998
  • Mejor dirección artística por el episodio The Post-Modern Prometheus
  • Mejor edición de imagen de una cámara individual por el episodio Kill Switch
• Año 1997
  • Mejor actriz en una serie para Gillian Anderson
  • Mejor dirección artística por el episodio Memento Mori
  • Mejor edición de sonido en una serie por el episodio Tempus Fugit
• Año 1996
  • Mejor actor invitado en una serie para Peter Boyle por el episodio Clyde Bruckman's Final Repose
  • Mejor logro individual en el guion para Darin Morgan por el episodio Clyde Bruckman's Final Repose
  • Mejor logro individual en cinematografía para una serie por el episodio Grotesque
  • Mejor logro individual en la edición de sonido en una serie por el episodio Nisei
  • Mejor logro individual en la mezcla de sonido en una serie por el episodio Nisei
• Año 1994
  • Mejor logro individual en diseño gráfico y secuencias de créditos por Expediente X

• Año 1998
  • Mejor serie de televisión (Drama)
• Año 1997
  • Mejor actuación masculina en una serie para David Duchovny
  • Mejor actuación femenina en una serie para Gillian Anderson
  • Mejor serie de televisión (Drama)
• Año 1995
  • Mejor serie de televisión (Drama)

• Año 2001
  • Premio de la Art Directors Guild por el episodio Without
  • Saturn al mejor actor para Robert Patrick (John Doggett)
• Año 2000
  • Premio de la American Society of Cinematographers por el episodio Agua mala
• Año 1999
  • Premio ASCAP a la banda sonora
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género
  • Premio de la American Society of Cinematographers por el episodio Drive
  • Premio de la Art Directors Guild a la mejor serie
• Año 1998
  • Globos de Oro a la mejor serie de televisión
  • Gran Premio del Gérardmer Film Festival por el episodio Redux
  • Premio ASCAP a la banda sonora
• Año 1997
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género
  • Saturn a la mejor actriz para Gillian Anderson
  • Premio Peabody
  • Premio ASCAP a la banda sonora
• Año 1996
  • Premio ASCAP a la banda sonora
  • Premio de la Televisión Nacional (UK) al actor más popular para David Duchovny
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género

Expediente X ha recibido muchos otros premios hasta hacer más de sesenta: tres Aftonbladet TV Prize (1996, 1997 y 1998), dos Environmental Media Awards (1994 y 1995), tres premios Monitor (1994 y 1996), un Golden Reel (1998), un premio Nova (1999), un premio SFX (1997), un Golden Satellite (1997), siete premios Sci-Fi Universe (1995-1996), dos premios Actor (1996 y 1997), dos TP de Oro (1996 y 1997)...

Ha recibido más de 141 nominaciones de todas clases y categorías, entre las que cabe destacar:

• Año 2003
  • Saturn a la mejor edición en DVD por las temporadas 5-6
• Año 2002
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género
  • Saturn al mejor actor para Robert Patrick (John Doggett)
  • Saturn a la mejor actriz para Gillian Anderson
  • Saturn a la mejor actriz de reparto para Annabeth Gish (Monica Reyes)
• Año 2001
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género
  • Saturn a la mejor actriz para Gillian Anderson
• Año 2000
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género
  • Saturn a la mejor actriz para Gillian Anderson
• Año 1999
  • BAFTA a la mejor serie de televisión internacional
  • Saturn a la mejor actriz para Gillian Anderson
  • Saturn al mejor actor para David Duchovny
• Año 1998
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género
  • Saturn a la mejor actriz para Gillian Anderson
  • Saturn al mejor actor para David Duchovny
• Año 1997
  • Writers Guild of America a Chris Carter por Duane Barry
  • Saturn al mejor actor para David Duchovny
• Año 1996
  • Writers Guild of America a Darin Morgan por Clyde Bruckman's Final Repose
  • Premio Edgar al mejor episodio de televisión por The Erlenmeyer Flask
• Año 1995
  • Premio Edgar al mejor episodio de televisión por Humbug
• Año 1994
  • Saturn a la mejor serie de televisión del género