• Los Santos de Atenea forman la mayoría de los personajes del santuario, estos son versiones más jóvenes de algunos de los personajes de Saint Seiya, entre ellos los 12 santos de oro principalmente Aioria de Leo, y los santos de plata Marin de Águila, Shaina de Ofiuco y Misty de Lacerta. También existen dos santos originales de la serie: Noesis de Triángulo y Retsu de Lince.

• Galarian Steiner (ガラリアン・シュタイナー, Gararian Shutainā^?), comúnmente llamado Galan (ガラン, Garan^?) es el primer escudero de Aioria. Él es un antiguo aprendiz de santo que intento robar el Icor para curar a su madre, fue condenado por el santuario a enfrentarse a un caballero, y se enfrentó a su amigo Aioros y perdió un brazo y un ojo, pero se le perdonó la vida.^[1]​ Como escudero de Aioria es poseído y pelea contra él pero éste le rompe la prótesis del brazo y lo libera.^[2]​ Su seiyū es Kōji Yusa.

• Líthos Chrysallís (リトス・クリサリス, Ritosu Kurisarisu^?, del griego λίθος, piedra, y χρυσαλλίς, crisálida) es hija de un escultor que servía al santuario. Su padre enfermó y murió poco después pero le prometió que la cuidaría para siempre, esas palabras no fueron en vano y su espíritu posee una estatua gigante que destruye todo que encuentra buscándola. Aioria es encargado de acabar con tal fuerza destructiva pero comprende las intenciones del gigante y le promete cuidar de Líthos. El santo de oro creían que era un niño por su modo de hablar, pero se enteró de la verdad mientras se bañaban.^[2]​ Líthos defiende a Aioria, incluso yendo a la reunión dorada e interponiendo su cuerpo ante Hiperión.^[3]​ Su seiyū es Saitō Chiba.

Los titanes que habían sido vencidos por Zeus, buscan liberar a Cronos que se encuentra encerrado en su Soma en el santuario para volver a dominar el mundo.

Los Gigantes (ギガス兵神, Gigasu Hyōshin^?) pelean junto a los Titanes en su lucha contra los Santos de oro siete años antes de la realización del Torneo Galáctico. Después del intento de Japeto de matar a Mu, Aioria y Aldebaran, Cronos decide llamarlos y les ordena que destruyan todo el Santuario así como la estatua de Atenea y recuperen el Megas Drepanon.

• Tifón (テュポーン, Tyupōn^?, romanizado Thphon en el manga) es un gigante que aparece años antes del inicio de la serie, cuando el sello lo guardaba en el monte Etna en Sicilia se empieza a romper. Aioros de Sagitario es enviado allá pero llega demasiado tarde pues el gigante ya había usado sus huracanes para destruir un navío. Aioros usa el cosmos de las almas del navío para vengarlos y le clava la flecha en el pecho hiriendo al gigante inmortal. Su apariencia es de un monstruo cuyas piernas son una cola de serpiente, sus cabellos 100 dragones que lanzan rayos de fuego.^[4]​
• Rúax de Phoínix (紅（ポインクス）の熔岩（リュアクス）, Poinkusu no Ryuakusu^?, lit. «Magma de Carmesí» del griego ρύαξ y Φοίνιξ) es el primero en atacar. Este sorprende a Marin que acababa de matar a sus soldados. Ella es derribada y aplastada por el pie del gigante, pero Aioria lleno de cólera aparece y la salva. Rúax pelea con Aioria pero este no le da treguas en su pelea. Cada vez que intentaba atacar, Aioria volvía a levantarse y le golpeaba con más y más fuerza. Por fin Aioria libera toda su cólera y termina acabando con él, demostrando a todos que un hombre puede sobrepasar a los dioses.^[4]​
• Phlox de Cianós (群青（キュアノス）の炎（プロクス）, Kyuanosu no Purokusu^?, lit. «Llama de Celeste»del griego φλοξ y κυανός) aprovechó para entrar en el complejo de las doce casas, ocultándose con sus poderes de invisibilidad. Phlóx fácilmente pasa por Aries y Tauro que se encontraban sin guardián, pero fue detectado por Shaka de Virgo. Phlóx intentó hacer un mundo de lava con sus poderes, pero Shaka inmediatamente lo elimina. Shaka le advierte a Phlóx que no tiene ningún inconveniente en pelear con él, y que no le teme por ser humano. En ese momento Rúax es derribado por Aioria y Phlóx horrorizado exclama que los humanos son la maldad encarnada. Tal frase actúa casi como una invocación y el guardián de la cuarta casa, Death Mask de Cáncer, advierte a Shaka que es su deber proteger la casa de Cáncer y que este asunto no lo incluye. Phlóx se adentra en la cuarta casa y se escandaliza al observar los rostros humanos que la adornan. Aunque intenta hacerle frente al Santo de Oro es acabado por un solo golpe del Sekishiki Meikaiha. Sus técnicas son Yōyūzō Gan (溶融造岩, 'Yōyūzō Gan'^? Fusión con la piedra), con la que fusiona sus llamas con las piedras creando lava, y Ensōben (焔爪鞭, 'Ensōben'^? Látigos de garras de fuego), con la que uno líneas de fuego salen de sus uñas y atrapan o atacan al enemigo.^[4]​
• Ánemos de Leucotes (白（レウコテース）の風（アネモス）, Reukotēsu no Anemosu^?, lit. «Viento de Blanco» del griego άνεμος y λευκός) y Bronté de Mélas (黒（メラース）の雷（ブロンテー）, Bronté de Mélas^? Merāsu no Burontē) lit. «Trueno de Negro» del griego βροντή y μέλας son dos gigantes que atacan a un herido Aioria de Leo luego de su pelea con el Dios Ceo. Aunque ambos Gigantes son antes eliminados por el Tenma Kōfuku de Shaka.^[5]​
• Spathe de Phaeos (灰色（パイオス）の刃（スパテー）, Paiosu no Supatē^?, lit. «Espada de Gris» del griego σπάθη y φαιός) es quien pelea en contra de Shura de Capricornio en Grevená, aunque sus ataques son en vano y es derribado por el Santo de Oro. En un último intenta usa su ataque de señuelo para que el Titán Crío logre golpear a Shura y muera Spathe en el proceso. Su técnica es Hachijinsō (八陣爪, 'Hachijinsō'^? Garra de ocho posiciones), una garra con ocho hojas cortantes.^[6]​
• Síderos de Ánthracía (紅玉（アントラクマ）の鉄（ジギーロス）, lit. «Hierro de Rubí» del griego σίδηρος y ανθρακιά^?) lucha contra Afrodita de Piscis en la entrada a la dimensión de los Titanes, este lo ataca con su Maza pero no puede destruir los rosales de Afrodita y en su segundo ataque, Afrodita consigue detener la maza con una sola rosa para después destruirla con las Rosas Pirañas. Finalmente muere tras recibir las Rosas Diabólicas y la Rosa Sangrienta. Sus técnicas son Kōtsui Hasai (光槌破砕, 'Kōtsui Hasai'^? Destrucción de persecución de luz), un golpe con su maza que emite una luz roja que destruye todo ser vivo, y Kōwan Hasai (光腕破砕, 'Kōwan Hasai'^? Destrucción de breazo de luz), un golpe con su puño con las mismas características de la maza.^[7]​^[8]​

• Pontos (ポントス, Pontosu^?) es el principal antagonista de la serie, él es quien despierta a los Titanes engañándolos para realizar sus propios planes. Al inicio, Pontos aparece principalmente como un personaje de fondo, conversando con el patriarca y con los Titanes. Cuando Aioria entra al Laberinto de Cronos, Pontos aparece ante el y le ofrece darle de su Dunamis para que pueda enfrentarse a los Titanes, ya que planea usar la derrota de estos dioses para liberar a la Madre Tierra.^[8]​ Su seiyū es Hiroki Yasumoto.

• Prometeo (プロメテウス, Purometeusu^?) es el hijo de Jápeto y Temis, aparece cuando estos mueren y los lleva al tártaro, luego llega donde Pontos.^[9]​

• Eurybia (エウリュピア, Euryupia^?) es la esposa de Crío e hija de Pontos, aparece cuando el Titán se despide de ella para ir a pelear contra los santos de oro.^[9]​

• Euríale (エウリュアレ, Euryuare^?) es un monstruo que aparece en Guangyuan, Sichuan. Noesis de Triángulo y Retsu de Lince se enfrentan a ella, Noesis sacrifica su vida para que su alumno pueda vencer al monstruo. Su descripción es un ser con enormes y oscuras alas, una cosa con escamas y un cuerno opaco y filoso.^[1]​
• Un Hecatónquiro (ヘカトンケイル, Hekatonkeiru^?) aparece invocado por Jápeto de Dimensión, con él Japeto ataca a Mu de Aries. Sus técnicas son Kekaton Menis (百の激怒（ヘカトン・メニス）, Hekaton Menisu^?, Furia de los cien), un golpe con sus 100 puños, y Kekaton Molybdaina (百弾（ヘカトン・モリュブダイナ）, Hekaton Moryubudaina^?, Disparo de los cien), en vez de golpear lanza 100 ataques a la vez.^[10]​
• El Rey Minos (ミノス王, Minosu Ō^?) aparece como un espíritu liberado por la llegada de los titanes, aparece en el palacio de Cnosos y secuestra y asesina a varias personas. Aioria, Líthos y Galan son enviados y vencen a Minos, pero antes de volver al Tártaro el rey invoca a su hijo el Minotauro.^[1]​
• El Minotauro (ミノタウロス, Minotaurosu^?) es invocado por Minos cuando está muriendo para destruir a Aioria, pero este logra vencerlo.^[1]​
• Héctor (ヘクトル, Hekutoru^?) es resucitado por Pontos cuando los monstruos son sellados, busca a un griego para reivindicar su nombre y se enfrfenta a Milo de Escorpión.^[5]​
• Apofis (アポフィス, Apofisu^?) es un dios de la oscuridad del panteón egipcio, Aioria y Aioros se enfrentan a él cuando Miko Hayasegawa investigaba unas ruinas.^[11]​ En realidad es la forma sellada de Hiperión, luego de ser vencido por los santos de oro se recupera gracias al poder de Pontos.^[12]​

• Cliff Okentos (クリフ　オケントス, Kurifu Okentosu^?) es un niño sobreviviente de un naufragio causado por Tifón en 1973, es salvado por Aioros de Sagitario cuando se enfrenta al gigante.^[4]​
• Miko Hasegawa (長谷川美子, Hasegawa Miko^?) es una arqueóloga que investiga unas ruinas en Egipto junto con Aioros y Aioria, es atacada por Apofis pero los santos la salvan.^[11]​
• Anubis aparece en una visión de Pontos utilizando su caldero, se ve que es vencido por Aioria.^[4]​
• El Ejército del Sol (太陽神軍, Taiyō Shingun^?) son un grupo de soldados de Ra, que se enfrentan a Aioros, pero él les derrota de un solo golpe. Sus armas son Taiyōken (太陽剣, 'Taiyōken'^? Espada de sol).^[11]​

• Un rebelde del santuario que causa el accidente de Three Mile Island, entreno como santo pero nunca logró utilizar su cosmos y fue desterrado por asesinar a un incontable número de personas. Causó el accidente para traer un santo verdadero y con vencerlo probar que él tiene la fuerza para convertirse en santo. Mata a John Black considerándolo un estorbo, y luego es vencido por Aioria.^[2]​

• Padre de Líthos es un escultor contratado por el patriarca para hacer 100 estatuas de piedra girantes. Cuando estaba haciendo la centésima cayo enfermo y murió sin acabarla. Le prometió a su hija cuidarla por siempre y la fuerza de su promesa hizo que su alma poseyera a la estatua que no acabó. Ahora como un gigante de piedra causa una gran destrucción en la cordillera Pindo buscando a Líthos, Aioria se enfrenta a él y le destruye pero se reconstruye. La niña le cuenta su historia y Aioria promete cuidar de ella y destruye la estatua con su cosmo.^[2]​ Su seiyū es Jun'ya Miura.

• John Black (ジョン・ブラック, Jon Burakku^?) es un mediador de rehenes enviado a la planta de energía nuclear Three Mile Island junto con Aioria de Leo para persuadir al causante del accidente. Poco se sabe de él, su profesión es hacer mediaciones y negociaciones de rehenes y terroristas para el gobierno de USA. Utiliza su cuerpo como escudo para proteger a Aioria y lo hace entender que debe encontrar el significado de hacer algo por alguien.^[2]​