En los Octavos de final de la Supercopa Sudamericana 1988 se dio inicio a la fase final de la competencia. Participaron 12 equipos campeones de la Copa Libertadores de América desde su creación en 1960. No obstante, debido a la imposibilidad de estructurar un cuadro simétrico con un número impar de participantes, Nacional de Uruguay fue eximido de esta ronda y avanzó directamente a los cuartos de final por razones de equilibrio competitivo.

Se disputaron partidos en ida y vuelta. Como criterios de desempate ante la igualdad de puntos, se utilizaron —en el mencionado orden—, la diferencia de goles, la cantidad de goles convertidos como visitante y, en última instancia, los tiros desde el punto penal.^[1]​