En 1998 Botero donó al Banco de la República de Colombia, una importante colección, consistente en 203 obras, 123 obras de su autoría y 87 de artistas internacionales al Museo Botero en Bogotá.
En 2000 el Museo de Antioquia recibió por parte del maestro una donación de 114 pinturas (óleos, acuarelas y dibujos) del maestro, 23 esculturas que hoy componen la Plaza Botero y 21 obras de artistas internacionales de su colección personal.
En 2004, efectuó una nueva donación. En esta ocasión al Museo Nacional de Colombia, consistente en las obras de la serie sobre la violencia, denominada El dolor de Colombia, integrada por 23 óleos y 27 dibujos.
Colombia: Museo de Antioquia y Plaza Botero (colección permanente más grande en el mundo de obras del artista, donadas por el mismo Botero), de Medellín; Museo Nacional de Colombia, en Bogotá; el Museo de Arte Moderno (MamBo) en Bogotá; Museo de Arte del Banco de la República (Museo Botero) de Bogotá; Parque San Pío en Bucaramanga; plaza de Santo Domingo (Cartagena de Indias).
Estados Unidos de América: Hirshhorn Museum y su jardín de esculturas, Instituto Smithsonian, de Washington; Arte Lowe, de la Universidad de Miami, de Coral Gables (Florida); Museo de la Universidad de Rochester (Míchigan); Art Metropolitan, de Nueva York; Arte de Milwaukee (Wisconsin); Arte Moderno, MoMa, de Nueva York; Solomon R. Guggenheim y en el Time Warner Center, de Nueva York; Art Hood, de Dartmouth College, de Hanover, New Hampshire, Universidad de Berkeley, Berkeley (California); Grand Wailea Resort Maui, Botero Gallery (Hawái), New Orleans Museum of Art, New Orleans.
Italia y Ciudad del Vaticano: Museo de Arte Moderno en la Ciudad del Vaticano; Crucero Internacional Costa Luminosa (Costa Crociere) Mujer Tumbada en el Hall Supernova; ingreso y plazoletas de Pietrasanta.
Japón: Museo de Arte Contemporáneo de Hiroshima, Museo Yamanashi Prefectural, Museo Moderno de Tokushima, Museo Moderno de Saitama, Museo de Arte Miyagi.
Panamá:Trump Ocean Club International Hotel & Tower, Ciudad de Panamá.
España: Paseo de la Castellana, Plaza de Colon, aeropuerto de Barajas de Madrid, aeropuerto "El Prat" de Barcelona; así como también el Son Sant Joan de Palma de Mallorca, en el centro de la ciudad de Oviedo; Centro de Arte Reina Sofía (Madrid), y plazoleta de la Domus, en La Coruña