Dedicada a toda una vida de excelentes logros científicos, la medalla Cothenius es enteramente de oro y lleva grabada la inscripción "Praemium virtutis salutem mortalium provehentibus sancitum" (en reconocimiento a la gran contribución del portador para aumentar el bienestar de la humanidad). Christian Andreas von Cothenius (1708-1789) legó "mil táleros de oro" para la Academia con la condición de que cada dos años se utilizaran para otorgar una medalla conmemorativa de oro con su imagen a la persona que encontrara la mejor solución a una pregunta en el campo de la medicina práctica. Uno de los primeros beneficiarios de la medalla fue el médico y zoólogo Ernst Haeckel en 1864. Desde 1954 la Medalla Cothenius han sido otorgada a investigadores eminentes -normalmente miembros de la Academia- para honrar su destacada labor de toda una vida.

Año	Medallista	Ciudad	Especialidad
1959	Piotr Kapitsa (1894 - 1984)	Moskau	Física
1959	Georg von Hevesy (1885 - 1966)	Stockholm	Fisicoquímica
1960	Kurt Mothes (1900 - 1983)	Halle	Botánica
1960	John C. Eccles (1903 - 1997)	Canberra	Fisiología
1961	Max Bürger (1885 - 1966)	Leipzig	Medicina interna
1964	Wolfgang von Buddenbrock-Hettersdorff (1884 - 1964)	Mainz	Zoología
1965	Ernst Derra (1901 - 1979)	Düsseldorf	Cirugía
1965	Hans Hermann Bennhold (1893 - 1976)	Tübingen	Medicina interna
1966	Archibald Vivian Hill (1886 - 1977)	Cambridge (GB)	Fisiología
1967	Vladimir A. Engelhardt (1894 - 1984)	Moskau	Química fisiológica
1967	Karl Lohmann (1898 - 1978)	Berlín	Química fisiológica
1969	Pavel S. Aleksandrov (1896 - 1982)	Moskau	Matemáticas
1969	Helmut Hasse (1898 - 1979)	Hamburg	Matemáticas
1969	Bartel Leendert van der Waerden (1903 - 1996)	Zúrich	Matemáticas
1971	Friedrich Hund (1896 - 1997)	Göttingen	Física
1971	Otto Kratky (1902 - 1995)	Graz	Fisicoquímica
1972	Erwin Reichenbach (1897 - 1973)	Halle	Estomatología
1973	Albrecht Unsöld (1905 - 1995)	Kiel	Astronomía
1974	Viktor A. Ambarcumjan (1908 - 1996)	Ereván	Astronomía
1975	Ernst Ruska (1906 - 1996)	Berlín	Física
1975	Ilja Prigogine (1917 - 1988)	Brüssel/Austin	Fisicoquímica
1977	Wolfgang Gentner (1906 - 1980)	Heidelberg	Física
1977	Arnold Graffi (1910 - 2006)	Berlín	Biología
1980	Wilhelm Jost (1903 - 1988)	Göttingen	Fisicoquímica
1980	Friedrich Peter Matzen (1909 - 1986)	Leipzig	Ortopedía
1983	Erna Lesky (1911 - 1986)	Innsbruck	Medicina
1983	Wolf von Engelhardt (1910 - 2008)	Tübingen	Mineralogía
1985	Hermann Flohn (1912 - 1997)	Bonn	Climatología
1985	Konrad Zuse (1910 - 1995)	Hünfeld	Tecnología computacional
1987	Rostislaw Kaischew (1908 - 1990)	Sofia	Fisicoquímica
1987	Adolf Watznauer (1907 - 1995)	Karl-Marx-Stadt	Geología
1989	Heinz Bethge (1919 - 2001)	Halle	Física
1989	Bernhard Katz (1911 - 2003)	London	Fisiología
1989	Jürgen Tonndorf (1914 - 1989)	New York	Otorrinolaringología
1991	Albert Eschenmoser (1925)	Küsnacht	Química
1991	Heinz Röhrer (1905 - 1992)	Rathenow	Veterinaria
1993	Wolfgang Gerok (1926)	Freiburg (Br.)	Medicina interna
1993	Bernhard Hassenstein (1922)	Freiburg (Br.)	Zoología
1995	Gottfried Möllenstedt (1912 - 1997)	Tübingen	Física
1995	Wilhelm Doerr (1914 - 1996)	Heidelberg	Patología
1995	Dietrich Schneider (1919 - 2008)	Starnberg	Zoología
1997	Otto Braun-Falco (1922)	Munich	Dermatología
1997	Friedrich Hirzebruch (1927 - 2012)	Bonn	Matemáticas
1999	Dorothea Kuhn (1923)	Marbach	Medicina
1999	Rudolf Rott (1926 - 2003)	Giessen	Veterinaria
2000	Hans Mohr (1930)	Freiburg (Br.)	Biología
2001	Heinz Jagodzinski (1916 - 2012)	Munich	Física
2001	Leopold Horner (1911 - 2005)	Mainz	Química
2003	Andreas Oksche (1926)	Giessen	Anatomía
2003	Benno Parthier (1932)	Halle	Biología celular
2003	Ernst J. M. Helmreich (1922)	Würzburg	Bioquímica
2005	Alfred Gierer (1929)	Tübingen	Biología
2005	Hans Günter Schlegel (1924 - 2013)	Göttingen	Microbiología
2007	Klaus Wolff (1935)	Vienna	Dermatología
2007	Sigrid Doris Peyerimhoff (1937)	Bonn	Fisicoquímica
2009	Karl Decker (1925)	Freiburg/Br.	Bioquímica
2009	Eduard Seidler (1929)	Freiburg/Br.	Historia de la medicina
2011	Ulrich Wobus (1942)	Gatersleben	Genética / biología molecular
2011	Anna M. Wobus (1945)	Gatersleben	Genética humana y medicina molecular
2011	Bert Hölldobler (1936)	Würzburg	Zoología
2013	Wolf Singer (1943)	Frankfurt (M.)	Neurociencia
2013	Gunter S. Fischer (1943)	Halle	Química
2015	Otto Ludwig Lange (1927)	Würzburg	Biología
2015	Herbert Gleiter (1938)	Karlsruhe	Física