Aunque existen continentes en el mundo de BIONICLE, casi todas las locaciones conocidas son islas.

Aunque no completamente obvio en la historia hasta ahora, en el mundo de BIONICLE existen dos niveles: la superficie, y la parte subterránea. No se suponía que los Matoran vivieran jamás en la superficie; casi todas las formas de vida conocidas viven en enormes cavernas con forma de domo, y las pocas excepciones son aquellos que llegaron a la isla de Mata Nui, los varados en Voya Nui, y aquellos que escaparon del Abismo. Por esto, el mundo de la superficie casi no ha sido explorado; y pocos saben que existe una superficie sobre ellos, refiriéndose a dicha área como "más allá del cielo."

Las siguientes son las diferencias conocidas entre el mundo de la superficie y el subterráneo:

• Formas de vida: Todos los seres subterráneos conocidos son biomecánicos, pero se sabe que el mundo de la superficie tiene criaturas completamente orgánicas. Al ver la isla de Mata Nui por primera vez, Toa Whenua notó a unas extrañas aves - extrañas para él, pues eran completamente orgánicas y diferentes a las aves biomecánicas a las que estaba acostumbrado.
• Composición de los objetos: Todo bajo la superficie, desde objetos inanimados a los cuerpos de seres vivientes, está hecho de alguna clase de protodermis; pero hay algunas cosas en la superficie que no están hechas de dicha sustancia. Esto es insinuado cuando Toa Nokama habló del agua de la superficie, que es diferente al "agua" de protodermis líquida que rodea a Metru Nui.
• Cielo: El cielo de la superficie es similar a los cielos de la Tierra, con un sol, luna y estrellas; pero Metru Nui, al menos, tiene su propio cielo falso ocultando el hecho de que hay un techo sobre él, y sus dos "soles" son agujeros por los que brilla la luz. El cielo de Metru Nui también tiene estrellas de algún tipo, pero no está claro de qué están hechas. Tanto los Toa Metru como los Piraka se sorprendieron por el brillo y el calor del sol de la superficie comparado con los subterráneos a los que estaban acostumbrados; los Toa Metru también notaron hasta cuán lejos llegaba el cielo, sin ninguna barrera de piedra (muros de caverna) para retener el mar.

Mata Nui es una isla tropical, nombrada en honor al Gran Espíritu. Cuando la ciudad subterránea de Metru Nui cayó en el Gran Cataclismo, los Toa Metru huyeron y descubrieron esta isla en la superficie del planeta. Luego de rescatar a los habitantes de la ciudad de los Visorak y evacuarlos hasta acá, se transformaron en Turaga y guiaron a los Matoran en la construcción de aldeas. Los Matoran vivirían en la isla por mil años, a pesar de los frecuentes ataques de Rahi controlados por Makuta. Recientemente, el camino hacia Metru Nui ha vuelto a abrirse, y los Matoran han dejado Mata Nui para poder repoblar la ciudad.

Metru Nui es una ciudad-isla localizada muy por debajo de la superficie de la isla de Mata Nui. Era el hogar original de cerca de mil Matoran antes de su emigración hacia Mata Nui. Metru Nui fue completamente devastada por el Gran Cataclismo y la invasión Visorak que le siguió, pero los Matoran finalmente han regresado después de mil años y han comenzado a reparar el daño.

Metru Nui es la localización más al norte conocida por los Matoran (Aunque no está en el polo norte del planeta).

Voya Nui es una isla que flota en la superficie del agua, al sur de la isla de Mata Nui. La masa de tierra se separó de un continente subterráneo hace mil años durante el Gran Cataclismo y aterrizó en la superficie del planeta.

Ciertos Matoran, víctimas de malas reparaciones, habían sido enviados a la región desde el reino de Karzahni casi en el inicio de los tiempos. Desde entonces, han tenido que luchar para sobrevivir, especialmente luego de que la región se volviera una isla recluida. Desconocido para los Matoran, la poderosa Kanohi Ignika, la Máscara de la Vida, estaba escondida en voya Nui, bajo el volcán, el Monte Valmai. Recientemente, la isla fue atacada por un grupo de villanos, los Piraka, quienes querían la máscara, pero ya se ha liberado y está bajo la abierta protección de Axonn.

Mahri Nui es una porción de la tierra de Voya Nui que se hundió bajo el mar, a un lugar donde está completamente rodeada por el Abismo. Poco se sabe de la geografía de Mahri Nui, pero los Matoran que allí viven se han adaptado a la vida submarina. Desafortunadamente, están constantemente asediados por un grupo de señores de la guerra llamados Barraki.