Desde su fundación, la Universidad de San Marcos ha contado con siete diferentes locales principales, teniendo dos traslados principales durante el siglo XVI, uno a mediados del siglo XIX, y el último a mediados del siglo XX:^[1]​

• Primer local: La actual Basílica y convento de Santo Domingo, específicamente en la Sala Capitural del entonces denominado Convento Grande de Nuestra Señora del Rosario de la Orden de los Dominicos. Allí tomó lugar la inauguración de la universidad el 2 de enero de 1553 y fue el principal escenario de sus actividades hasta 1571.
• Segundo local: Corresponde al que se mudó en 1572, la actual Iglesia de San Marcelo. En dicho lugar se realizó en 1574 el sorteo para definir el nombre de la institución, quedando esta nombrada en honor al evangelista San Marcos como "Real y Pontificia Universidad de San Marcos".
• Tercer local: Al que se mudó en 1576 y que corresponde a un histórico edificio ubicado en la entonces Plaza del Estanque, después llamada de la Inquisición y actualmente Plaza Bolívar o del Congreso. Este local fue sede de la universidad por alrededor de 300 años, hasta los inicios de la república. Desde 1822 hasta 1867, la universidad compartió este espacio con el entonces naciente Congreso del Perú. Posterior a ello, San Marcos cambiaría de sede, cediendo totalmente el referido local.
• Cuarto local: Fundado en 1581, corresponde al actual Colegio Real de San Marcos, el cual fue un centro de enseñanza donde se impartían cátedras de cánones y leyes bajo la rectoría del también rector de la Universidad de San Marcos.
• Quinto local: Corresponde al traslado de la universidad al local del antiguo Convictorio de San Carlos, entonces residencia sanmarquina, acontecido en 1867. Dicha sede permanecería por 90 años como la principal de la universidad. Desde 1992 a la actualidad, en día en dicho local funciona el Centro Cultural de la Universidad de San Marcos.
• Sexto local: El local definitivo de la Facultad de Medicina «San Fernando», el cual inició su edificación en la Avenida Grau a fines del siglo XIX. Este tiene sus antecedentes en la formación sanmarquina en la materia originada en 1634 con las Cátedras Prima y de Vísperas de medicina y en la conformación de la Facultad de Medicina «San Fernando» en 1856, la cual ocupó diversos locales históricos previos a su ubicación actual.
• Séptimo local: La actual Ciudad Universitaria, ubicada entre la Avenida Universitaria y la Avenida Venezuela. Este campus inicia su construcción en 1951, y en los años 60 durante el gobierno de Manuel Prado, la universidad desarrolla su traslado. En ella se ubican actualmente el rectorado, la biblioteca central y 17 de las 20 facultades de la universidad. Además, dentro de sus límites se ubican varias huacas precolombinas.

• Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Estadio Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Centro Cultural de San Marcos