• Conepatus humboldtii - Zorrillo de Humboldt.
• Inia geoffrensis humboldtiana - Es una subespecie de delfín del Amazonas o delfín rosado.
• Histiotus humboldti – Murciélago de orejas marrones grandes de Humboldt.
• Spheniscus humboldti - Pingüino de Humboldt.
• Catostomus occidentalis humboldtianus - Pez chupador.
• Broteas humboldti - Escorpión venezolano.
• Eigenmannia humboldtii - Pez eléctrico.
• Rhinella humboldti - Sapo venezolano

• Pichia humboldtii – Levadura.
• Anthurium humboldtianum - Cala.
• Tricholomopsis humboldtii – Hongo.
• Mammillaria humboldtii – Cactus.
• Lilium humboldtii - Azucena de Humboldt.
• Phragmipedium humboldtii - Orquídea Humboldt.
• Quercus humboldtii - Roble suramericano.
• Annona humboldtii - Arbusto neotropical.
• Utricularia humboldtii - Planta utricularia carnívora.
• Geranium humboldtii - Geranio.
• Salix humboldtiana - Sauce llorón suramericano.

• Glaciar de Humboldt, localizado en la isla de Groenlandia.
• Canal de Humboldt, localizado en el Territorio del Noreste.
• Bahía Humboldt, localizada al norte de Estado de California - Estados Unidos.
• Pico Humboldt, localizado en el Estado de Colorado – Estados Unidos.
• Río Humboldt, localizado al norte del Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Pequeño Río Humboldt, localizado al norte del Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Lago Humboldt, localizado al noroeste del Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Pantano salado de Humboldt, localizado en el Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Depresión de Humboldt, localizado al noroeste del Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Cordilleras de Humboldt, localizado al noreste y noroeste del Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Cuenca de Humboldt, localizada en el Estado de Oregón - Estados Unidos.
• Corriente de Humboldt, corriente oceanográfica del oeste de América del Sur.
• Pico Humboldt, localizado en la Sierra Nevada de Mérida – Venezuela.
• Sima Humboldt, de 352 metros de ancho y 314 metros de profundidad en el Parque nacional Jaua Sarisariñama Venezuela
• Cordillera Humboldt, localizada en el continente de la Antártida.
• Cordillera Humboldt, localizada en China.
• Quebrada Humboldt, localizada en el Estado de Queensland – Australia.
• Cordillera Humboldt, localizada en Nueva Zelanda.
• Monte Humboldt, localizado en Nueva Zelanda.
• Monte Humboldt, localizado en el archipiélago de Nueva Caledonia.
• Mirador de Humboldt, localizado en La Orotava, Islas Canarias, España.
• Humboldtina, mineral de oxalato de hierro descubierto por el peruano Eduardo Mariano de Rivero

• Reserva Forestal Nacional Humboldt – Toiyabe, localizada en el Estado de Nevada – Estados Unidos.
• Parque nacional Alejandro de Humboldt, localizado en las Provincias de Holguín y Guantánamo en Cuba.
• Monumento Nacional Humboldt, localizado al norte de la población de Caripe en el Estado Monagas – Venezuela (Primer Monumento Nacional designado en Venezuela, constituido por un complejo sistema de cavernas).
• Reserva Forestal Nacional Alexander von Humboldt, localizada en Perú.
• Reserva nacional Pingüino de Humboldt, área protegida localizada en la comuna de La Higuera en la Región de Coquimbo, Chile.

• Condado de Humboldt en el Estado de California – Estados Unidos.
• Condado de Humboldt en el Estado de Iowa – Estados Unidos.
• Condado de Humboldt en el Estado de Nevada – Estados Unidos.

• Guevea de Humboldt, Oaxaca – México.
• Humboldt, en la Provincia de Saskatchewan – Canadá.
• Humboldt, en el Estado de Arizona - Estados Unidos.
• Humboldt Hill, en el Estado de California - Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Dakota del Sur - Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Iowa - Estados Unidos.
• Humboldt Township, en el Estado de Míchigan - Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Minnesota – Estados Unidos.
• Humboldt Township, en el Estado de Minnesota – Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Nebraska – Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Nevada - Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Tennessee - Estados Unidos.
• Humboldt, en el Estado de Kansas - Estados Unidos.
• Humboldt Park, en la Ciudad de Chicago, Estado de Illinois - Estados Unidos.
• Humboldt, en el Condado de Brown en el Estado de Wisconsin – Estados Unidos.
• Humboldt, en la Provincia de Santa Fe, Argentina.

• Tijuana, México
• Buenos Aires, Argentina
• La Habana, Cuba
• Madrid, España
• Quito, Ecuador
• Toluca, México
• Tuxpan, México
• San Luis Potosí, México
• Perote, Ver. México
• Caracas, Venezuela
• Ciudad Bolívar, Venezuela
• Cuernavaca, México
• La Coruña, España
• Las Palmas, Veraguas, Panamá
• Guanajuato, México
• Pachuca, México.

• Alexander von Humboldt, velero alemán, antiguo buque faro botado en 1906, reconvertido a bric-barca, utilizado como buque escuela entre 1988 y 2011 por la Deutsche Stiftung Sail Training (Fundación de entrenamiento de vela alemana).
• Alexander von Humboldt II, velero alemán, buque escuela de la Deutsche Stiftung Sail Training (Fundación de entrenamiento de vela alemana) desde 2011 sustituto del anterior.
• A. v. Humboldt, buque de investigación alemán.
• Alexander von Humboldt, buque de cruceros alemán que posteriormente ha tenido varios nombres.
• CMA CGM Alexander von Humboldt, séptimo de los nueve buques portacontenedores de la clase Explorer, los mayores portacontenedores del mundo desde 2009 hasta que entren en servicio los clase triple E de Maersk.
• ARM Alexander von Humboldt, buque de investigación de la Armada de México.
• BIC Humboldt buque de investigación polar peruano.

• 54 Alexandra, asteroide.
• Cadena de Humboldt en la Luna.
• Mare Humboldtianum, mar lunar.

• Fundación Alexander von Humboldt (Alexander von Humboldt Stiftung). Fundación alemana para promover la investigación cooperativa internacional, con sede en Bonn, Alemania. Otorga becas y premios a investigadores extranjeros de la máxima calidad en cualquier campo científico.
• Asociación de Educación y Cultura Alejandro von Humboldt (Guatemala). Auspiciadora del Colegios Alemán de Guatemala y el Instituto e Idioma Alemán.
• Asociación Alexander von Humboldt de España - Madrid, España. Asociación de antiguos becarios de la Fundación alemana, españoles o residentes en España, que promueve el conocimiento y la cooperación hispano-alemana en torno a temas de interés científico y cultural. Celebran reuniones anuales y publican regularmente las actas de cada Humboldt-Kolleg.
• Asociación Cultural Humboldt - Caracas, Venezuela.
• Casa Alejandro de Humboldt.^[1]​ Museo sobre Humboldt de la Oficina del Historiador de la Ciudad de La Habana - Cuba
• Centro Comercial Parque Humboldt, en Caracas – Venezuela.
• Colegio Alemán Alexander von Humboldt, en Ciudad de México – México.
• Colegio Alemán Alexander von Humboldt, en Lima — Perú.
• Colegio Alexander von Humboldt, en Montreal – Canadá.
• Colegio Alemán Humboldt en Quito (Ecuador)
• Unidad Educativa Alexander Von Humboldt (Mitad del Mundo, Quito- Ecuador)
• Colegio Alexander Von Humboldt, en Santa Cruz de la Sierra - Bolivia
• Colegio Alemán Humboldt de Guayaquil - Ecuador
• Colegio Humboldt, en San José - Costa Rica
• Colegio Humboldt, en Caracas – Venezuela.
• Colegio Humboldt, en Puebla – México.
• Colegio Humboldt, en São Paulo – Brasil.
• Colegio Liceo Nacional Alejandro de Humboldt, en Popayán - Colombia.
• Corporación Universitaria Empresarial Alexander Von Humboldt,^[2]​ en Quindío – Colombia
• Fundación Humboldt, en Caracas – Venezuela.
• Grupo de Rescate Aéreo Humboldt, en Caracas – Venezuela.
• Hotel Humboldt, en el Parque nacional El Ávila, Caracas - Venezuela.
• Humboldt State University, en el Estado de California – Estados Unidos.
• Institución Educativa Alejandro Humboldt, en Fortul - Colombia
• Instituto Alexander von Humboldt, en Barranquilla - Colombia
• Instituto Alexander von Humboldt, en Cartagena - Colombia
• Instituto cultural Alexander von Humboldt, en Medellín - Colombia
• Instituto Humboldt, en Necochea, Argentina
• Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt en Bogotá — Colombia. Entidad mixta sin ánimo de lucro, cuya misión es promover, coordinar y realizar investigación que contribuya a la conservación y uso sostenible de la biodiversidad de Colombia.
• Instituto de Medicina Tropical Humboldt Adscrito a la Universidad Cayetano Heredia de Lima – Perú.
• Instituto Nacional Alejandro de Humboldt (INAH), en Ahuachapán - El Salvador.
• Instituto Preuniversitario Vocacional de Ciencias Exactas (IPVCE) "Mártires de Humboldt 7" - La Habana, Cuba.
• Liceo Alejandro Humboldt, en Calabozo – Venezuela.
• Museo Alejandro de Humboldt de La Habana. Institución biológica en La Habana Vieja - Cuba.
• Museo de Historia Natural Humboldt (Museum für Naturkunde), adscrito a la Universidad Humboldt de Berlín
• Núcleo Pionero de Humboldt, Centro de Investigación en la Cuenca Amazónica - Brasil.
• Planetario Humboldt, en el Parque del Este de Caracas – Venezuela.
• Universidad Alejandro de Humboldt, en Caracas y Valencia – Venezuela.
• Universidad Humboldt de Berlín – Alemania.
• Humboldt International University – Miami, Estados Unidos.

Un billete alemán de 5 marcos alemanes lleva su rostro, y se le representa con su hermano en una moneda de plata alemana de 1967.

Humboldt & Bonpland taxidermistas drama del autor venezolano Ibsen Martínez.

Muchos hombres del tiempo de Humboldt le reconocieron méritos y le rindieron honores, aunque también lo criticaron. Entre ellos se destacan:

• Wilhelm von Humboldt
• Charles Darwin: "Sólo (Humboldt) da una idea de los sentimientos que se despiertan en el que entra por primera vez en los trópicos".
• Maximiliano I de México
• Johann Wolfgang von Goethe:
• Friedrich Schiller. Antes del viaje de Humboldt al continente americano:

"... a pesar de su talento e incesante inquietud, no llegará nunca a aportar a la ciencia nada realmente importante. Hay demasiada vanidad trivial en todos sus quehaceres, y no veo en él síntoma de interés puramente objetivo. Aunque parezca absurdo, con todo el respeto debido al tremendo y polifacético acervo de su conocimiento, observo una pobreza de sentido y significación que me parece el peor de todos los males de su profesión. Es un intelecto desnudo y analizador, que examina desvergonzadamente a la naturaleza, y con una audacia que me perece inconcebible. Sus palabras están vacías y sus conceptos son estrechos. No tiene imaginación. La naturaleza hay que contemplarla con sentimiento"·^[3]​

• Simón Bolívar
• José de la Luz y Caballero
• Napoléon Bonaparte
• Claude Louis Berthollet
• Thomas Jefferson
• Emil Du Bois-Reymond
• Arístides Rojas (1826-1894), en alguno de sus ensayos publicados en La Tertulia de Caracas y recopilados posteriormente bajo el título de Humboldtianas, estudia los caracteres psicológicos de Humboldt.^[4]​

• Universidad Alejandro de Humboldt.
• Parque nacional "Alejandro de Humboldt"