En 1991 los aurinegros alcanzaron el subcampeonato del campeonato, con 39 puntos clasificando por primera vez a la Copa Libertadores.^[1]​ En la máxima competición continental compartió grupo con los albos, Universidad Católica y los argentinos de San Lorenzo y Newell's Old Boys, quedando últimos del grupo con tres puntos. Ese plantel estaba conformado por Pedro González, Cristián Olguín, Orlando Mondaca, los argentinos Víctor Hugo Amatti, Rubén Tanucci y Roberto Corro y el brasileño Ronaldo Moraes, entre otros.

En 2019, el torneo nacional quedó inconcluso, alcanzando los piratas a disputar 24 de las 30 fechas.^[2]​ Finalmente, con la tabla final, sumó 34 puntos, producto de 8 victorias, 10 empates y 6 derrotas, finalizó el campeonato en la 5° posición, clasificando por primera vez a la Copa Sudamericana, del año 2020.^[3]​ En su primera participación en este torneo, disputó la primera ronda contra Aragua, derrotándolo con un marcador global de 3-1 (3-0 en el Francisco Sánchez Rumoroso y 0-1 en Caracas), accediendo a la segunda fase.^[4]​ En la segunda ronda se enfrentó a otro equipo venezolano: Estudiantes de Mérida, para volver a ganar por global 5-0 (3-0 en Chile y 2-0 en Venezuela).^[5]​

En octavos de final derrotó a Sport Huancayo, tras un empate sin goles de local, sin embargo de visita el club se impuso por 2-0.^[6]​ En cuartos de final jugó con Junior de Barranquilla. En Colombia, gana sorpresivamente por 2-1^[7]​ y en Chile pierde por 0-1, pero pasa a semifinales debido a los goles de visitante.^[8]​ En la semifinal jugaría contra Defensa y Justicia, pero por motivos de "seguridad", el partido de ida en Chile se jugaría en el Estadio Nacional de Chile.^[9]​ Luego, el plantel de Defensa se vio afectado por 3 casos de COVID-19,^[10]​ suspendiendo el partido y obligando a la CONMEBOL a cambiarle la localía a Coquimbo hasta el Estadio Manuel Ferreira en Asunción, Paraguay,^[11]​ finalmente, el encuentro terminó empatado sin goles. En la vuelta en Argentina, Defensa ganó por 4-2, poniendo fin a una histórica campaña para los Piratas.^[12]​

Por liga nacional en 2023, Coquimbo quedó en la quinta posición clasificando en su segunda Copa Sudamericana,^[13]​ en primera fase eliminaron por 2 a 0 a Universidad Católica clasificando a la fase de grupos.^[14]​ En dicha ronda quedaría emparejado con Bragantino de Brasil, Sportivo Luqueño de Paraguay y Racing Club de Argentina, donde el club consiguió una victoria, dos empates y tres derrotas siendo eliminado en fase de grupos.^[15]​

En negrita competiciones activas.