La Villa de Colima se fundó en el año 1523, un 25 de julio, en un lugar cercano a Caxitlán (en términos de Tecomán), antigua capital del reino de Colliman, una vez derrotado tlatoani Colimotl. Su fundador fue el capitán Gonzalo de Sandoval, quien recibió órdenes de Hernán Cortés de “buscar un buen sitio y fundar una villa de españoles que debería llamarse Collimán". El Capitán Sandoval localizó este sitio en donde actualmente se encuentra la ciudad de Colima. Como el lugar donde se fundó la primera villa era malsano, sus pobladores y el ayuntamiento tomaron el acuerdo, en 1525, de trasladarse al sitio actual, consumándose este traslado el 20 de enero de 1527 que corresponde a la fundación de la Villa de San Sebastián de la provincia de Colima. Esta fundación fue la octava realizada por los conquistadores en el territorio de la Nueva España. El Lic. Lorenzo Lebrón de Quiñones recorrió 200 pueblos de la provincia de Colima de 1551 a 1554, con el carácter de visitador, designado por el Rey de España, para suprimir las múltiples injusticias de que eran víctimas los indígenas por los encomenderos españoles. Al Lic. Lorenzo se le llamó el "juez más severo que llegó a éstos territorios", quien además tuvo gran compasión y amor por los indios de estas tierras.

• El Padre de la Patria don Miguel Hidalgo y Costilla, se hizo cargo de la parroquia de Colima del 10 de marzo al 26 de noviembre de 1792. Su presencia en Colima fue muy benéfica porque se mejoraron notablemente los servicios religiosos, mereciendo el respeto del clero regular colimense y de la feligresía. El padre Hidalgo frecuentaba a las comunidades indígenas ante lo cual hay fundadas presunciones de que en compañía del padre José Antonio Díaz concibieron grandes proyectos para lograr importantes cambios sociales en la Nueva España. Durante el movimiento de Independencia, acaudillados por el padre Hidalgo, los primeros insurgentes llegaron a Colima el 8 de noviembre de 1810 al mando de José Antonio Torres (hijo) y Rafael Arteaga, llevándose a Guadalajara 20 españoles importantes como rehenes, de los cuales 9 fueron salvados de ser degollados por la intervención de don Francisco Ramírez de Oliva ante el padre Hidalgo, cuando 11 de ellos ya habían sido sacrificados.

• Los primeros mártires colimenses entre niños, mujeres, jóvenes y ancianos en número de 300, sucumbieron en Colima sacrificados por el sanguinario coronel Manuel del Río en los llanos de Santa Juana en el mes de marzo de 1811. Son dignos de especial mención los notables y valerosos insurgentes colimenses Pedro y Manuel Regalado (tío y sobrino), Ignacio Sandoval, José Calixto Martínez y Moreno (a quien apodaban "Cadenas”), el Lego Gallaga, el cura Venegas, Fermín Ortíz y el más ameritado de todos ellos, el padre José Antonio Díaz, porque luchó hasta el sacrificio en defensa de los ideales de la Independencia. Los insurgentes Ignacio Sandoval, los Regalado, el Lego Gallaga y otros patriotas defendieron la entonces Villa de Colima del asedio de los realistas con un poderoso contingente de luchadores por la libertad.

• Colima con el carácter de partido, pertenecía a la Intendencia de Guadalajara cuando se consumó la Independencia el 27 de septiembre de 1821. El 20 de junio de 1823 el Coronel colimense Anastacio Brizuela, Comandante de la 21 División de Milicias del Sur, que con anterioridad se había puesto de acuerdo con el Ayuntamiento de la Villa de Colima y con los principales vecinos de la población, acordaron la segregación del partido de Colima de la Intendencia de Guadalajara. Finalmente, en 1824 el acta constitutiva de la República Federal otorgó a Colima la categoría de territorio federal el 4 de octubre de 1824, separándolo definitivamente de Jalisco. El 10 de septiembre de 1824, el Congreso Federal le otorgó a Colima el título de ciudad, lo que causó un gran regocijo entre los colimenses. El 5 de septiembre de 1852 estalló en Colima una asonada encabezada por el teniente coronel Francisco Díaz Noriega, el Lic. Ruperto Arzac, Santiago Cárdenas y Ramón Pamplona.

El propósito era deponer a José María Gutiérrez de la jefatura política del territorio; pero este, que recibió un aviso oportuno, preparó a la policía y con rapidez hizo abortar la conspiración, tomando prisioneros a varios de los responsables, entre ellos a Díaz Noriega, mientras otros huían rumbo a Jalisco. La Constitución General de la República promulgada el 5 de febrero de 1857, otorgó al territorio de Colima su categoría de estado libre y soberano. El primer Gobernador fue el General Manuel Álvarez.

El 25 de noviembre de 1866 una guerrilla de patriotas republicanos originarios de diversas partes de lo que fuera el estado de Colima, derrotó a una escolta imperialista francesa, en la “cuesta” de Jala, del actual municipio de Coquimatlán.