• Gerardo Sasso (1099-1120) (Fundador)
• Raymond du Puy o Raimundo de Podio (1120-1160) (primer maestre)
• Auger de Balben (1160-1163)
• Arnaud de Comps (1162-1163)
• Gilbert d'Aissailly (1163-1170)
• Gastone de Murols (c. 1170-1172)
• Jobert de Siria (1172-1177)
• Roger de Moulins (1177-1187)
• Armengol de Aspa (1187-1190) (Provisor, no designado formalmente como gran maestre)
• Garnier de Nablus (1190-1192)
• Geoffroy de Donjon (1193-1202)
• Alfonso de Portugal (1203-1206)
• Geoffrey le Rat (1206-1207)
• Garin de Montaigu (1207-1228)
• Bertrand de Thercy (1228-1231)
• Guerin de Montacute (1231-1236)
• Bertrand de Comps (1236-1240)
• Pierre de Vielle-Bride (1240-1242)
• Guillaume de Chateauneuf (1242-1258)
• Hugues de Revel (1258-1277)
• Nicolas Lorgne (1277-1284)
• Jean de Villiers (1284-1294)
• Odon de Pins (1294-1296)
• Guillaume de Villaret (1296-1305)
• Foulques de Villaret (1305-1319)
• Hélion de Villeneuve (1319-1346)
• Dieudonné de Gozon (1346-1353)
• Pierre de Corneillan (1353-1355)
• Roger de Pins (1355-1365)
• Raymond Berenger (1365-1374)
• Robert de Juliac (1374-1376)
• Juan Fernández de Heredia (1377-1396)
  • Riccardo Caracciolo (1383-1395) gran maestre rival
• Filiberto de Naillac (1396-1421)
• Antonio Fluvián de la Rivera (1421-1437)
• Jean de Lastic (1437-1454)
• Jacques de Milly (1454-1461)
• Pere Ramon Sacosta (1461-1467)
• Giovanni Battista Orsini (1467-1476)
• Pierre d'Aubusson (1476-1503)
• Emery d'Amboise (1503-1512)
• Guy de Blanchefort (1512-1513)
• Fabrizio del Carretto (1513-1521)
• Philippe Villiers de l’Isle-Adam (1521-1534)
• Piero de Ponte (1534-1535)
• Didier de Saint-Jaille (1535-1536)
• Juan de Homedes y Coscón (1536-1553)
• Claude de la Sengle (1553-1557)
• Jean Parisot de la Valette (1557-1568)
• Pierre de Monte (1568-1572)
• Jean de la Cassiere (1572-1581)
  • Mathurin Romegas (1581) Lugarteniente de 1577 a 1581 gran maestre rival en 1581
• Hugues Loubenx de Verdalle (1581-1595)
• Martin Garcés de Marcilla (1595-1601)
• Alof de Wignacourt (1601-1622)
• Luís Mendes de Vasconcellos (1622-1623)
• Antoine de Paule (1623-1636)
• Juan de Lascaris-Castellar (1636-1657)
• Martín de Redín y Cruzat (1657-1660)
• Annet de Clermont-Gessant (1660)
• Rafael Cotoner y de Oleza (1660-1663)
• Nicolás Cotoner y de Oleza (1663-1680)
• Gregorio Carafa (1680-1690)
• Adrien de Wignacourt (1690-1697)
• Raimundo Rabasa de Perellós y Rocafull (1697-1720) (Ramón Perellós de Roquefeuil)
• Marc'Antonio Zondadari (1720-1722)
• António Manoel de Vilhena (1722-1736)
• Ramón Despuig y Martínez de Marcilla (1736-1741)
• Manuel Pinto da Fonseca (1741-1773)
• Francisco Jiménez de Tejada (1773-1775)
• Emmanuel de Rohan-Polduc (1775-1797)
• Ferdinand von Hompesch zu Bolheim (1797-1799)

Se produce la desintegración de la Orden, con motivo de la invasión francesa de Malta.

• Pablo I de Rusia (1798-1801) de facto
  • Conde Nicholas Soltykoff (1801-1803) Lugarteniente de facto
• Giovanni Battista Tommasi (1803-1805)
  • Innico Maria Guevara-Suardo (1805-1814) Lugarteniente
  • André Di Giovanni (1814-1821) Lugarteniente
  • Antoine Busca (1821-1834) Lugarteniente
  • Carlo Candida (1834-1845) Lugarteniente
  • Philippe di Colloredo-Mels (1845-1864) Lugarteniente
  • Alessandro Borgia (1865-1871) Lugarteniente
  • Juan Bautista Ceschi a Santa Croce (1871-1879) Lugarteniente
• Juan Bautista Ceschi a Santa Croce (1879-1905)
• Galeazzo von Thun und Hohenstein (1905-1931)
• Ludovico Chigi Albani della Rovere (1931-1951)
  • Antonio Hercolani-Fava-Simonetti (1951-1955) Lugarteniente
  • Ernesto Paternó-Castello di Caraci (1955-1962) Lugarteniente
• Angelo de Mojana di Cologna (1962-1988)
  • John Charles Pallavicini (1988) Lugarteniente
• Andrew Bertie (1988-2008)
  • Giacomo Dalla Torre del Tempio di Sanguinetto (2008) Lugarteniente interino
• Matthew Festing (2008-2017)
  • Ludwig Hoffmann von Rumerstein (2017) Lugarteniente interino
  • Giacomo Dalla Torre del Tempio di Sanguinetto (2017) Lugarteniente
• Giacomo Dalla Torre del Tempio di Sanguinetto (2018-2020)
  • Ruy Gonçalo do Valle Peixoto de Villas Boas (2020) Lugarteniente interino
  • Marco Luzzago (2020-2022) Lugarteniente
  • Ruy Gonçalo do Valle Peixoto de Villas Boas (2022) Lugarteniente interino
  • John Timothy Dunlap (2022-2023) Lugarteniente
• John Timothy Dunlap (2023-presente)

• Lista de Grandes Maestres del sitio oficial
• Descripción del gran maestre del sitio oficial