El Departamento de Santa Cruz fue fundado con base en la Provincia de Santa Cruz de la Sierra por Decreto Supremo del 23 de enero de 1826.^[2]​

Entre 1826 y 2010 el departamento estaba gobernado por la Prefectura de Santa Cruz, dependiente del Poder Ejecutivo nacional y que estaba al mando de un Prefecto y Comandante General designado por el Presidente. Desde 2010 y a partir de la Constitución Política del Estado de 2009, el departamento esta gobernado por el Gobierno Autónomo Departamental como componente del Órgano Ejecutivo departamental, el cual tiene como Máxima Autoridad Ejecutiva a un Gobernador electo cada 5 años en Elecciones Subnacionales.

La Ley del Régimen Electoral vigente (Ley N° 026 del 30 de junio de 2010) define segunda vuelta electoral para candidatos que superen a su adversario más cercano con el 10% o más pero no lleguen al 40% más, o que si superen el 40% pero no a su oponente con el 10% o más.^[3]​

A continuación, la lista de los prefectos y gobernadores del Departamento^[4]​.

El historiador cruceño Hernando Sanabria Fernández nos brinda datos precisos acerca de los gobernadores de Santa Cruz en un libro especializado en el tema^[5]​.

• 1561 - 1568: Ñuflo de Chaves
• 1568 - 1572: Diego de Mendoza
• 1572 - 1580: Juan Pérez de Zurita
• 1575: Antonio de Sanabria
• 1581 - 1595: Lorenzo Suárez de Figueroa
• 1595 - 1597: Gonzalo de Solís Holguín
• 1597 - 1599: Beltrán de Otazú y Guevara
• 1599 - 1601: Gonzalo de Solís Holguín
• 1601 - 1604: Juan de Mendoza Mate de Luna
• 1604 - 1605: Martín Vela Granado
• 1605 - 1607: Martín de Almendras Holguín
• 1608 - ?: Juan de Mendoza Mate de Luna
• ca.1610/1613 - ?: Martín de Almendras Holguín
• 1617 - 1619: Gonzalo de Solís Holguín
• 1619 - 1623: Nuño de la Cueva
• 1623 - 1626: Gonzalo de Solís Holguín
• 1626 - ?: Florián Girón
• 1628 - 1637: Cristóbal de Sandoval y Rojas
• 1637 - ?: Antonio de Rojas
• ? - 1637: Diego de Trejo
• 1637 - 1638: Diego Hidalgo de Paredes
• 1638 - 1639: Francisco Rodríguez Peinado
• 1639 - 1645: Juan de Somoza Lozada y Quiroga
• 1645 - 1646: Álvaro Velázquez de Camargo
• 1646 - 1647: Diego de Berrío
• 1647 - 1655: Lorenzo Dávila de Herrera
• 1656 - 1660: Jorge de Vivero Maldonado
• 1660: Alonso de Coca
• 1661 - 1665: Francisco de Olivares Figueroa
• 1664 - 1666: Antonio de Ribas
• 1666 - 1668: Diego de Ampuero y Barba
• 1668 - ?: Sebastián Solabarrieta y Arancibia
• 1671 - ?: Juan de Montenegro
• 1672 - 1676: Benito de Ribera y Quiroga
• 1676 - ?: Diego de Matos y Encinas
• 1680 - 1686: Juan Jerónimo de la Riva Agüero
• 1686 - 1691: Agustín de Arce y de la Concha
• 1691 - 1692: Diego Sánchez del Castillo
• 1692 - ?: José Robledo de Torres
• 1698: Miguel Díez de Andino Barbosa Escobar
• 1702 - ?: Pedro Gálvez Ordóñez
• 1706 - ?: José Antonio Ponce de León y Zerdeño
• 1709 - ?: Daniel de Acuña Égüez
• 1714 - 1719: José Cayetano Hurtado de Mendoza y Dávila
• 1719 - 1723: Luis Guillermo Álvarez Gato
• 1724 - 1744: Francisco Antonio de Argomoza y Zeballos
• 1744 - 1745: Cristóbal Retes de Ugarte
• 1745 - ?: Juan Bernardo de la Roca
• 1751: Francisco de Arangoyti
• 1752: Juan de Arangoitia
• ? - 1755: Manuel Urbano Camila
• 1759- 1766: Alonso Berdugo
• 1766 - 1771: Luis Álvares de Nava
• 1771 - 1777: Andrés Mestre
• 1777 - 1782: Tomás de Lezo y Pacheco
• 1782 - 1783: Antonio Seoane de los Santos

• 1782 - 1783: Antonio Seoane de los Santos
• 1783 - 1785: José de Ayarza
• 1785 - 1809: Francisco de Biedma y Narváez

Disolución de la intendencia tras la traslación de la sede a la villa de Cochabamba.

• 1786 - 1790: Manuel Ignacio de Zudáñez
• 1790 - 1810: Antonio Seoane de los Santos
• 1810: Pedro José Toledo Pimentel

Santa Cruz al adherirse a la Revolución de Mayo, conforma la Junta Provisoria (1810) y luego la Junta Subalterna (1811), obteniendo una leve autonomía.

• 1810: Antonio Suárez de Arteaga (revolucionario)
• 1810-1811: Antonio Vicente Seoane (revolucionario-independentista)

El Gral. José Manuel de Goyeneche mandó al Cnel. Becerra como gobernador de Santa Cruz de la Sierra, restituyendo la provincia o intendencia, separándola de la de Cochabamba.

• 1811: José Miguel Becerra (realista)
• 1813: Antonio Suárez de Arteaga (revolucionario)
• 1813-1815: Ignacio Warnes (revolucionario)
  • 1814: Ramón Durán (revolucionario)

Warnes renunció a su cargo, pero luego fue electo en comicios populares, y desde su asunción los gobiernos patriotas gobernaron al territorio de manera independiente de las decisiones del Gobierno central de Buenos Aires.

• 1815-1816: Ignacio Warnes (revolucionario-independentista)
  • 1815: José Manuel Mercado (revolucionario-independentista)
  • 1816: Santiago Carrera (independentista)
  • 1816: José Manuel Mercado (revolucionario-independentista)
• 1816-1824: Francisco Xavier de Aguilera (realista)
  • 1819: Anselmo de las Ribas (realista)
  • 1820: Gaspar Frontaura (realista)
  • 1823: José Llano (realista)
  • 1824: Manuel Fernando de Aramburú (realista)
• 1824: José Manuel Mercado (independentista, asunción obstruida)
• 1824: Juan Manuel Arias (realista)
• 1824-1825: Tomás Aguilera (realista)

El 14 de febrero de 1825 Mercado con su ejército tomó la plaza de la provincia de Santa Cruz de la Sierra y destituyó a Tomás Aguilera, asumiendo el cargo de gobernador de la provincia, cargo que fue oficializado al día siguiente (15 de febrero) con la Declaración de Independencia de la provincia.

• 1825: José Manuel Mercado (independentista)
• 1825: Juan Manuel Arias

Tras la ocupación de Santa Cruz (25 de febrero de 1825), el general en jefe de las provincias del Alto Perú, Antonio José de Sucre, impuso abruptamente a los nuevos gobernantes. Posteriormente con la fundación de la República de Bolívar, se designó formalmente a los nuevos gobernantes.

• 1825: Francisco José María del Valle (comandante en jefe de los departamentos libres de Santa Cruz, de facto)
• 1825: José Videla Castillo (de facto)
• 1825-1826: José Miguel de Velasco (por Simón Bolívar)

• 1826 Antonio Vicente Seoane
• 1828 - Anselmo Rivas
• 1828-1830 - Antonio Vicente Seoane
• 1834-1836 - Anselmo Rivas
• 1836-1838 - José Miguel de Velasco
• 1838 - Antonio Suárez de Arteaga
• 1839-1841 - Francisco Bartolomé Ibáñez
• 1842 - José Matías Carrasco
• 1843 - Agustín Saavedra Paz
• 1845 - José Antonio Suárez de Argumosa
• 1847 - Manuel Rodríguez Magariños
• 1847 - Manuel Ángel del Prado y Cárdenas
• 1847 - Juan Manuel Dávalos
• 1848 - Francisco Bartolomé Ibáñez
• 1851-1853 - Francisco Bartolomé Ibáñez
• 1862-1863 - Manuel José Castro
• 1863-1865 - Tristán Roca Suárez
• 1866-1867 - Francisco Bartolomé Ibáñez
• 1870-1871 - Francisco Ibáñez
• 1871-1872 - Rafael Peña de Flores
• 1872-1873 - Francisco Bartolomé Ibáñez
• 1876 - Demetrio Roca
• 1876 - Andrés Ibáñez Justiniano
• 1880 - Rafael Peña de Flores
• 1881 - Antonio del Granado
• 1890-1891 - Horacio Ríos
• 1894 - Juan Francisco Velarde Vaca
• 1895-1898 - Ángel María Zambrana
• 1899 - José Félix Camacho
• 1901 - Antonio Vicente Barba
• 1903 - Ángel María Justiniano
• 1904 - Rosendo Rodolfo Rojas
• 1908 - Ricardo Arias
• 1908 - Miguel Ramallo
• 1909 - Justo Padilla
• 1910 - Florencio Cuenca
• 1910 - José Rafael Canedo
• 1911 - Escolástico Viscarra
• 1911 - José Cronenbold
• 1912 - José Benjamín Burela Justiniano
• 1912 - Plácido Sánchez
• 1913 - Luis Monje
• 1913 - César Macario Ochávez
• 1914 - Saúl Serrate
• 1916 - Rómulo Justiniano
• 1919 - Ángel Sandóval Peña
• 1920 - Saúl Serrate
• 1920 - Castor Franco
• 1920 - Junta Revolucionaria compuesta por: Pablo E. Roca, Felipe Leonor Ribera, e Ignacio Justiniano.
• 1920 - Gonzalo Jáuregui
• 1921 - Simón Aguirre
• 1922 - Victorino Gutiérrez
• 1923 - Moisés Subirana
• 1923 - Ángel Rodríguez
• 1924 - Junta Revolucionaria de Gobierno: Pablo E. Roca, Guillermo Áñez, y Cástulo Chávez.
• 1924 - José C. Quirós
• 1924 - Demetrio Ramos
• 1925 - Julio Anibal Gutiérrez Michelin
• 1926 - Edmundo Vásquez
• 1927 - Napoleón Gómez
• 1927 - Ovidio Manuel de la Cruz Santistevan Suárez
• 1929 - Romualdo Rivero
• 1930 - José Manuel González
• 1931 - Adalberto Terceros Mendivil
• 1933 - Germán Zegarra
• 1934 - José Callaú
• 1935 - José Agustín Saavedra Rivero
• 1936 - Froilán Calleja Castro
• 1936 - Rómulo Moreno Suárez
• 1937 - Carlos Bánzer Aliaga
• 1938 - Rómulo Mercado O.
• 1939 - Mamerto Salas
• 1939 - José Callaú
• 1939 - Óscar Emilio Araúz
• 1939 - Jenaro Blacutt
• 1940 - Rafael Aponte Canseco
• 1940 - Víctor Felipe Serrano
• 1941 - Plácido Sánchez
• 1942 - Víctor Felipe Serrano
• 1944 - Félix Tavera
• 1944 - Isaías Landívar
• 1944 - Raúl Barrientos
• 1944 - Alejandro Casal Ribera
• 1945 - Ernesto Ribera Arteaga
• 1945 - Luis A. Pinto Tellería
• 1946 - Raúl Otero Reiche
• 1946 - Osvaldo Gutiérrez Jimenez
• 1946 - Venancio Aquino Villegas
• 1947 - Celso Castedo Barba
• 1948 - Ovidio Manuel de la Cruz Santistevan Suárez
• 1949 - Nicanor Gil Soruco
• 1949 - José Antonio Rico Toro
• 1949 - Tomás A. Suárez
• 1949 - Jorge Chávez
• 1950 - Carlos Peredo Zambrana
• 1950 - Óscar Peredo Zambrana
• 1951 - Roberto Téllez Cronembold
• 1951 - Víctor Felipe Serrano
• 1952 - Alcibiades Velarde Cronembold
• 1953 - Francisco Dabdoub
• 1954 - Severiano Julio Castro
• 1956 - Jorge Flores Arias
• 1956 - Hugo Méndez Ibáñez
• 1956 - Alcibiades Velarde Ortiz
• 1957 - Froilán Calleja Castro
• 1957 - Luis Rodríguez Bidegaín
• 1958 - Hugo Méndez Ibáñez
• 1959 - Haroldo Zambrana C.
• 1960 - Juan Morales Torres
• 1960 - Pedro Maillard
• 1961 - René González Torres
• 1962 - Luis Ernesto Arteaga Z.
• 1962 - Luis Rodríguez Alcázar
• 1964 - Enrique Atalá
• 1964 - Raúl Serrate Q.
• 1964 - Wálter Coronel
• 1965 - Félix Moreno Ortiz
• 1966 - José Gil Reyes
• 1967 - Félix Moreno Ortiz
• 1969 - Hugo de Chazal Echazú
• 1970 - Marcelo Velarde Ortiz
• 1971 - Gustavo Melgar G.
• 1971 - Widen Razuk Abrene
• 1972 - Wálter Meschwitz Aguilera
• 1973 - Óscar Bello Marco
• 1974 - Heberto Castedo Lladó
• 1977 - Arnaldo Saucedo Parada
• 1978 - Hedim Céspedes Cossio
• 1978 - Miguel Ayoroa Montaño
• 1979 - Jorge Aguirre S.
• 1979 - Alberto Abdala E.
• 1979 - Wálter Pereyra Áñez
• 1980 - Óscar Román Vaca
• 1981 - Horacio Ugarteche
• 1981 - Máximo García Bonilla
• 1982 - Alcibiades Velarde Ortiz
• 1983 - Joaquín Monasterio Pinckert
• 1984 - Marcelo Velarde Ortiz
• 1985 - Freddy Landívar
• 1985 - Julio Prado
• 1986 - Roberto Roca
• 1989 - Mario Barbery
• 1989 - Rolando Aróstegui Quiroga
• 1993 - Guido Áñez Moscoso
• 1993 - Julio Leigue Hurtado
• 1997 - Alfredo Romero Dávalos
• 1997 - Zvonko Pedro Matkovic Fleig
• 1998 - Freddy Terrazas Salas
• 1999 - Ramón Prada Vaca Díez
• 2001 - Wilmar Stelzer Jimenez
• 2002 - Gil Jorge Aguilera Bejarano
• 2002 - Mario Justiniano Aponte
• 2003 - Carlos Hugo Molina Saucedo
• 2005 - Jaime Paz Rea
• 2005 - José Negrete Román
• 2005 - Rubén Darío Cuéllar Suárez
• 2006-2010 - Rubén Armando Costas Aguilera (primer Prefecto electo en comicios)
• 2010 - Rolando Aguilera Gasser

• Departamento de Santa Cruz
• Gobernadores del Beni
• Gobernadores de Chuquisaca
• Gobernadores de Cochabamba
• Gobernadores de La Paz
• Gobernadores de Oruro
• Gobernadores de Pando
• Gobernadores de Potosí
• Gobernadores de Tarija

1. ↑ «GOBERNADORES». www.santacruz.gob.bo. Consultado el 1 de abril de 2021. 
2. ↑ «DECRETO SUPREMO del 23 de Enero de 1826 – 1 » Derechoteca.com». www.derechoteca.com. Consultado el 1 de abril de 2021. 
3. ↑ «Ley N° 026». Cámara de Diputados. 23 de agosto de 2017. Consultado el 1 de abril de 2021. 
4. ↑ «SUCESIÓN DE PREFECTOS Y GOBERNADORES 1825 – 2010 | GOBERNADORES Y PREFECTOS». Gobierno Autónomo Departamental de Santa Cruz. Consultado el 1 de abril de 2021. 
5. ↑ Sanabria Fernández, Hernando (1975). Universidad 'Gabriel René Moreno', ed. Crónica sumaria de los gobernadores de Santa Cruz: 1560 - 1810. La Paz: Librería Editorial "Juventud". 
6. ↑ Los que gobernaban las provincias provisionalmente unidas del Alto Perú, tenían la denominación de "presidentes y comandantes generales", "presidentes y comandantes militares" o llamados simplemente "presidentes".