La mayor parte del Estado presenta una vegetación correspondiente a la subregión Insular Costera del Tipo:

• Herbazales Litorales Halófilos: en comunidades bajas, abiertas, en depresiones salinas de la costa, pobres florísticamente (vidrio, hierba de vidrio, escoba de conejo).
• Herbazales Litorales Psamófilos: (yerba de grama – batatilla de Playa).
• Arbustales Xerófilos Litorales: Cují, Yaque, Cuica, Yabo, Palo Verde, Guatacaro, Gatacare, yaguarey o cordón dato, Guasabara, Guasabano, Tuna Guafabora, Guayacán.
• Manglares Costeros: mangle rojo, mangle negro, mangle rosado, mangle blanco, mangle botoncillo y lo correspondiente a la serranía del Copey.
• Bosques Bajos a Medios: Puy, Curaro, Aragüaney, Yema de Huevo, Indio Desnudo, Pellejo de Indio, Torco, Cucharo Blanco, Limoncillo.
• Bosques Ombrófilos Submontanos Sub-siempreverdes: Aragüaney, Chaparro Bobo, Guamo, Palmito, Palmiche, Macanilla.
• Arbustales Submontanos enanos Siempreverdes: Copecillo, Manteco Blanco.
• Tierras Agropecuarias y Urbanas: la vegetación natural ha sido removida o alterada de tal forma que ya no es reconocible como tal.

• Mamíferos: Conejo margariteño, la Ardilla, El Venado margariteño, el Mapurite, la Comadreja y el Cachicamo.
• Aves: Guacharaca, Turpial, Perdiz, Guayamate, Tórtola y la Cotorra Margariteña.
• Reptiles: Iguana, Traga venado o Macaurel, Serpientes Cascabel, Coral, Guaripete y la Lagartija

La región posee una gran variedad de animales; Entre los animales más destacados de la isla de Margarita se encuentran:

• El Odocoileus margaritae es una especie de venado endémica de la isla, este particular venado sólo se encuentra localizado en la isla de Margarita ya que en la isla de Coche ya no se hallan ejemplares aunque se cree los hubo. Este venado se encuentra ahora en peligro crítico de extinción.^{[cita requerida]} Este venado se estima que como peso máximo tienen unos 30 kg, se alimenta de hojas, frutas y materiales vegetales. Además es la especie más pequeña de los Odocoileus. Se hallan principalmente en la península de Macanao y en el Parque Cerro el Copey donde pocas veces se ven estos particulares venados con cola blanca.
• El Leopardus pardalis es un mamífero carnívoro que se distribuye en América, el cual posee 10 subespecies entre las cuales se encuentra el ocelote de Venezuela (Leopardus pardalis melanurus) el cual también se distribuye en Guyana, Trinidad, Barbados y Granada. Este felino es de la familia de los Felidae. Los estudios no han confirmado si este mamífero está en peligro en la isla ya que es de preocupación menor por la IUCN en términos generales en el mundo. Este félido en Margarita y Venezuela se conoce como cunaguaro. Su peso general es de 11 kg convirtiéndose así en un felino de tamaño mediano; se alimenta de jóvenes reptiles, aves, huevos de tortuga, monos, entre otros.
• Cebus apella margaritae es también llamado en Margarita, mono machín, mono capuchino o mono común. Esta es otra de las especies de animales de Margarita que se halla en peligro de extinción. Es una especie endémica de la isla, pesa alrededor de 1,5 y 4 kg, son de un tamaño pequeño y se caracteriza por siempre tener un rostro tierno. Se localizan en manadas, y su peligro se debe a la pérdida del hábitat y la caza. En su alimentación son frugívoros, herbívoros e insectívoros.
• El Sciurus granatensis nesaeus es una subespecie de ardilla endémica de la Isla ya que existen más de 30 subespecies de este tipo de ardilla.
• El Dasypus novemcinctus (Cachicamo) es un mamífero emparentado con los osos hormigueros y los perezosos. Este se encuentra desde los Estados Unidos hasta Argentina. Posee unos cinco subespecies entre las cuales esta la de Venezuela y/o Margarita.
• El Pattonomys flavidus(canarete) también conocido como rata Espinoza de margarita es un mamífero pequeño que hasta hora se considera una especie endémica de margarita, se encuentra en peligro de extinción. según el libro rojo de la fauna venezolana cuarta edición.

Otras especies de animales encontrados son: el Mapurite, la Comadrejita y el Conejo margariteño (Sylvilagus floridanus). Y varias especies de reptiles, tales como: Iguana la cual antes se hallaba más en Margarita pero su caza para el consumo de sus huevos y carne la han hecho una especie en peligro en Margarita; Tragavenado o Macaurel, Cascabel, Coral, Guaripete, Lagartija. Y muchas especies de aves que se hallan y se ven en muchos lugares de la isla, como lo son la paraulata llanera o sinsonte tropical (Mimus gilvus), zanate caribeño o tordo negro o llanero (Quiscalus lugubris)solita escamosa o "potoco" (Columbina squammata), paraulata ojos de candil (Turdus nudigenis), azulejo (Thraupis glaucocolpa), carpintero habado (Melanerpes rubricapillus), tucusito o colibrí anteado (Leucippus fallax), colibrí esmeralda coliazul (Chlorostilbon mellisugus), reinita o platanero (Coereba flaveola), batará barrado (Thamnophilus doliatus), guacharaca que habita en Tobago y Margarita (Ortalis ruficauda ruficauda), turpial (Icterus icterus), Guayamate o Cardenalito (Cardinalis phoeniceus), perdiz, paloma, palomino, tórtola y última pero más importante la Cotorra margariteña (Amazona barbadensis rothschildi) como símbolo natural de la isla y especie en peligro de extinción en la isla.

También es posible hallar especies como la escolopendra o ciempiés gigante (Scolopendra cingulata).