El Ministerio del Poder Popular para la Defensa se divide en varios estructuras organizativas los cuales están integrados por el despacho del ministro, la Inspectoría General de la FANB, cuatro oficinas, tres viceministerios, varias direcciones, secretarías y unidades que se describe a continuación:^[1]​

• Despacho del Ministro de la Defensa: el Despacho del Ministro del Poder Popular para la Defensa es el nivel superior de dirección del MPPD, el cual está conformado de la siguiente manera:^[2]​

-Dirección General del Despacho.

-Oficina Estratégica de Seguimiento y Evaluación de Políticas Públicas.

-Consultoría Jurídica.

-Oficina de Atención Ciudadana.

-Oficina de Gestión Administrativa.

-Oficina de Gestión Comunicacional.

-Oficina de Gestión Humana.

-Oficina de Planificación y Presupuesto.

-Oficina de Tecnologías de la Información y la Comunicación.

Adicionalmente está conformado por:

• Inspectoría General de la Fuerza Armada Nacional Bolivariana (INGEFANB): es el órgano militar encargado de la ejecución de la inspección, supervisión y control de las distintas actividades del sector defensa de la Nación venezolana.^[3]​

• Viceministerio para Planificación y Desarrollo de la Defensa: es el viceministerio del MPPD encargado de planificar, organizar, dirigir, coordinar y evaluar las políticas, estrategias, planes, programas, proyectos y sistemas orientados al desarrollo económico e industrial militar, para el fortalecimiento, crecimiento, sustentabilidad y sostenibilidad del Sector Defensa. Está integrado por las siguientes direcciones:^[4]​

-Dirección General de Industria Militar.

-Dirección General de Evaluación y Seguimiento Estratégico.

-Dirección General de Planificación para el Desarrollo.

-Dirección General de Desarrollo Económico Militar.

• Viceministerio de los Servicios: Está integrado por las siguientes direcciones:^[5]​

-Dirección General de Empresas y Servicios.

-Dirección General de Armas y Explosivos.

-Secretaría Permanente de Registro y Alistamiento para la Defensa Integral de la Nación.

• Viceministerio de Educación para la Defensa: es el viceministerio del MPPD encargado dirigir y ejecutar la rectoría del Sistema Educativo Militar; así como planificar, formular, actualizar, controlar y evaluar políticas, estrategias, planes de estudio y proyectos dirigidos a garantizar una educación de calidad, para asegurar el cumplimiento de la defensa militar. Está integrado por las siguientes direcciones:^[6]​

-Dirección General de Políticas y Programación Educativa.

-Dirección General de Desarrollo Educativo Integral.

-Dirección General de Investigación y Desarrollo.