En esta lista están incluidas las especies aceptadas y las que están en discusión.

• Jaltomata alviteziana S.Leiva
• Jaltomata andersonii Mione
• Jaltomata antillana (Krug & Urban) D'Arcy
• Jaltomata aspera (Ruiz & Pav.) Mione
• Jaltomata atiquipa Mione & S. Leiva G.
• Jaltomata auriculata (Miers) Mione
• Jaltomata aypatensis S.Leiva, Mione & Quipuscoa
• Jaltomata bernardelloana S.Leiva & Mione
• Jaltomata bicolor (Ruiz & Pav.) Mione
• Jaltomata biflora (Ruiz & Pav.) Benítez - tomatillo cimarrón del Perú^[1]​
• Jaltomata bohsiana Mione & Spooner
• Jaltomata cajacayensis S. Leiva & Mione
• Jaltomata cajamarca Mione
• Jaltomata calliantha S.Leiva & Mione
• Jaltomata chihuahuensis (Bitter) Mione & Bye
• Jaltomata chotanae S. Leiva & Mione
• Jaltomata confinis (C. V. Morton) J. L. Gentry
• Jaltomata contumacensis S. Leiva & Mione
• Jaltomata cuyasensis Leiva, Quipuscoa & Sawyer
• Jaltomata darcyana Mione
• Jaltomata dendroidea S. Leiva & Mione
• Jaltomata dentata (Ruiz & Pav.) Benítez
• Jaltomata diversa (J. F. Macbr.) Mione
• Jaltomata grandibaccata S. Leiva & Mione
• Jaltomata grandiflora (Robinson and Greenmann) D'Arcy, Mione & Davis
• Jaltomata guillermo-guerrae Mione & S. Leiva
• Jaltomata herrerae (C. V. Morton) Mione
• Jaltomata hunzikeri Mione
• Jaltomata lanata S.Leiva & Mione
• Jaltomata leivae Mione
• Jaltomata lezamae Leiva G. & Mione
• Jaltomata lojae Mione
• Jaltomata lomana Mione & S. Leiva
• Jaltomata mionei Leiva G. & Quipuscoa
• Jaltomata nigricolor S. Leiva & Mione
• Jaltomata nitida (Bitter) Mione
• Jaltomata oppositifolia S. Leiva & Mione
• Jaltomata paneroi Mione & S. Leiva
• Jaltomata pallascana (Bitter) Mione
• Jaltomata parviflora S. Leiva & Mione
• Jaltomata pilosissima S. Leiva
• Jaltomata procumbens (Cav.) J. L. Gentry - jaltomate de México^[1]​
• Jaltomata propinqua (Miers) Mione & M.Nee
• Jaltomata repandidentata (Dunal) Hunz.
• Jaltomata sagastegui Mione
• Jaltomata salpoensis S. Leiva G. & Mione
• Jaltomata sanchez-vegae S. Leiva & Mione
• Jaltomata sanctae-martae (Bitter) Benítez
• Jaltomata sinuosa (Miers) Mione
• Jaltomata tayabambae S.Leiva & Mione
• Jaltomata truxillana S. Leiva & Mione
• Jaltomata umbellata (Ruiz & Pav.) Mione & M.Nee
• Jaltomata ventricosa (Baker) Mione
• Jaltomata viridiflora (Humb., Bonpl., Kunth) M.Nee & Mione
• Jaltomata weberbaueri (Dammer) Mione
• Jaltomata werffii D'Arcy
• Jaltomata yacheri Mione & S. Leiva
• Jaltomata yungayensis Mione & S. Leiva