Las especies de Aponogeton, único género dentro de la familia de las aponogetonáceas, se listan a continuación, conjuntamente con el autor, la cita válida y la distribución geográfica de cada una:^[1]​

• Aponogeton abyssinicus Hochst. ex A.Rich., Tent. Fl. Abyss. 2: 351 (1850). De Etiopía a Malaui. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton afroviolaceus Lye, Bot. Not. 129: 68 (1976). De Kenia a Zimbaue. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton angustifolius Aiton, Hort. Kew. 1: 45 (1789). Sudoeste de Sudáfrica. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton appendiculatus H.Bruggen, Blumea 16: 265 (1968). Oeste y sur de la India. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton azureus H.Bruggen, Mitt. Bot. Staatssamml. Münich 12: 105 (1975). Noroeste de Namibia. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton bernierianus (Decne.) Hook.f. en G.Bentham y J.D.Hooker, Gen. Pl. 3: 1014 (1883). Este de Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton bogneri H.Bruggen, Bull. Jard. Bot. Natl. Belg. 43: 207 (1973). Sur de Zaire. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton boivinianus Baill. ex Jum., Ann. Inst. Bot.-Géol. Colon. Marsella, III, 10(2): 9 (1922). Norte de Madagascar (incl. Nosi Bé). Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton bruggenii S.R.Yadav y Govekar, Rheedea 4: 34 (1994). Oeste de la India. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton bullosus H.Bruggen, Blumea 17: 125 (1969). Queensland (meseta Atherton). Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton capuronii H.Bruggen, Blumea 16: 257 (1968). Sudeste de Madagasacar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton cordatus Jum., Ann. Inst. Bot.-Géol. Colon. Marseille, III, 10(2): 13 (1922). Este de Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton crispus Thunb., Nov. Gen. Pl.: 73 (1784). Bangladés, Sur de India, Sri Lanka. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton cuneatus S.W.L.Jacobs, Telopea 11: 130 (2006). Queensland. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton decaryi Jum. ex Humbert, Notul. Syst. (Paris) 11: 1 (1943). Centro y Sur de Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton desertorum Zeyh. ex Spreng., Syst. Veg. 5(Suppl.): 14 (1828). Sur de Zaire a Sur de África. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton dioecus Bosser, Adansonia, n.s., 6: 156 (1966). Centro de Madagasacar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton distachyos L.f., Suppl. Pl.: 215 (1782). Sudoeste de Provincia del Cabo. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton eggersii Bogner y H.Bruggen, Aqua Pl. 26: 63 (2001). Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton elongatus F.Muell. ex Benth., Fl. Austral. 7: 188 (1878). Norte de Australia a Noreste de Nueva Gales del Sur. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton euryspermus Hellq. y S.W.L.Jacobs, Telopea 8: 16 (1998). Noroeste de Australia a Territorio del Norte. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton fotianus J.Raynal, Adansonia, n.s., 9: 551 (1970). Sudoeste de Chad. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton hexatepalus H.Bruggen, Blumea 17: 136 (1969). Sudoeste de Australia. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton jacobsenii de Wit en H.C.D.de Wit, Aquariumpl., ed. 4: 120 (1983). Centro de Sri Lanka. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton junceus Lehm. ex Schltdl., Linnaea 10(Litt. Ber.): 76 (1836). Sur de Zaire a Sur de África. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton kimberleyensis Hellq. y S.W.L.Jacobs, Telopea 8: 15 (1998). Noroeste de Australia. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton lakhonensis A.Camus, Notul. Syst. (París) 1: 273 (1910). Assam a Indochina, Sulawesi. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton lancesmithii Hellq. y S.W.L.Jacobs, Telopea 8: 12 (1998). Queensland. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton longiplumulosus H.Bruggen, Blumea 16: 256 (1968). Norte de Madagasacar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton loriae Martelli, Nuovo Giorn. Bot. Ital., n.s., 3: 472 (1897). Sudeste de Nueva Guinea. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton madagascariensis (Mirb.) H.Bruggen, Blumea 16: 249 (1968). Comoros, Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton masoalaensis Bogner, Aqua Pl. 27: 137 (2002). Madagascar.
• Aponogeton natalensis Oliv., Hooker's Icon. Pl. 15: t. 1471 (1884). Sur de África. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton natans (L.) Engl. y K.Krause in H.G.A.Engler (ed.), Pflanzenr., IV, 13: 11 (1906). India a Birmania, sur de Sri Lanka. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton nudiflorus Peter, Abh. Preuss. Akad. Wiss., Phys.-Math. Kl., n.f., 13(2): 40 (1928). Etiopía a Tanzania. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton proliferus Hellq. y S.W.L.Jacobs, Telopea 8: 11 (1998). Queensland. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton queenslandicus H.Bruggen, Blumea 17: 123 (1969). Queensland. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton ranunculiflorus Jacot Guill. y Marais, Kew Bull. 27: 563 (1972). Sur de África (Drakensberg). Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton rehmannii Oliv., Hooker's Icon. Pl. 15: t. 1471B (1884). Kenia a sur de África. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton rigidifolius H.Bruggen, Meded. Lanbouwhoogeschool 6(6): 91 (1962). Sudoeste de Sri Lanka. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton robinsonii A.Camus, Notul. Syst. (París) 2: 203 (1912). Centro y Sur de Vietnam. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton satarensis Sundararagh., A.R.Kulk. & S.R.Yadav, Kew Bull. 36: 687 (1982). Oeste de India. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton schatzianus Bogner y H.Bruggen, Aqua Pl. 26: 155 (2001). Madagascar.
• Aponogeton stuhlmannii Engl., Notizbl. Königl. Bot. Gart. Berlín 1: 26 (1895). Kenia a Namibia. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton subconjugatus Schumach. y Thonn. in C.F.Schumacher, Beskr. Guin. Pl.: 183 (1827). Oeste de África tropical a Uganda. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton tenuispicatus H.Bruggen, Blumea 16: 253 (1968). Noreste de Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton tofus S.W.L.Jacobs, Telopea 11: 131 (2006). Territorio del Norte. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton troupinii J.Raynal, Adansonia, n.s., 6: 153 (1966). Sur de Chad a Norte de Zaire. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton ulvaceus Baker, J. Linn. Soc., Bot. 18: 279 (1881). Oeste y Centro de Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton undulatus Roxb., Fl. Ind. ed. 1832, 2: 211 (1832). Norte de India a Indochina, Pen. Malaya (Johor), Borneo. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton vallisnerioides Baker, Trans. Linn. Soc. Londres, Bot. 2: 158 (1875). África tropical. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton vanbruggenii Hellq. y S.W.L.Jacobs, Telopea 8: 17 (1998). Territorio del Norte a Queensland. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton viridis Jum., Ann. Inst. Bot.-Géol. Colon. Marseille, III, 10(2): 10 (1920). Centro norte de Madagascar. Hidrogeofita tuberosa.
• Aponogeton womersleyi H.Bruggen, Blumea 18: 477 (1970). Sur de Nueva Guinea. Hidrogeofita tuberosa.