Los Cuartos de final de la Supercopa Sudamericana 1988 corresponden a la segunda ronda de la fase final de la competencia. Debido a la imposibilidad de estructurar un cuadro simétrico con un número impar de participantes, Racing Club de Argentina fue eximido de esta ronda y avanzó directamente a las semifinales por razones de equilibrio competitivo. Por otra parte, se reincorporó Nacional de Uruguay, que fue eximido de jugar los octavos de final.

Se disputaron partidos en ida y vuelta. Como criterios de desempate ante la igualdad de puntos, se utilizaron —en el mencionado orden—, la diferencia de goles, la cantidad de goles convertidos como visitante y, en última instancia, los tiros desde el punto penal.^[1]​