En los Cuartos de final de la Copa Colombia 2025, participaron ocho equipos que avanzaron de los emparejamientos en la fase anterior. Estos fueron distribuidos en cuatro parejas de acuerdo a los emparejamientos establecidos mediante sorteo.^[1]​ Cada pareja se enfrentará en partidos de ida y vuelta de 90 minutos cada uno. En estos encuentros no regirá la regla del gol de visitante. En caso de que no haber ganador en el tiempo regular, se realizarán tiros desde el punto penal. Después de definidos los cuatro equipos clasificados a las semifinales, habrá un sorteo en el cual se definirán las llaves de estas