En los Cuartos de final de la Copa Colombia 2016, participaron ocho equipos que avanzaron de los emparejamientos en la fase anterior. Estos fueron distribuidos en cuatro parejas de acuerdo a unos emparejamientos establecidos de manera anticipada mediante el reglamento^[1]​. Cada pareja se enfrentará en partidos de ida y vuelta de 90 minutos cada uno. En estos encuentros no regirá la regla del gol de visitante. En caso de que no hubiera ganador en el período regular, se realizará tiros desde el punto penal.