En los Cuartos de final de la Copa Colombia 2013, participaron ocho equipos que avanzaron de los emparejamientos en la fase anterior^[1]​. Estos fueron distribuidos en cuatro parejas de acuerdo a unos emparejamientos establecidos de manera anticipada mediante reglamento. Cada pareja se enfrentó en partidos de ida y vuelta de 90 minutos cada uno. En estos encuentros no rige la regla del gol de visitante. En caso de que no hubiese ganador en el período regular, se realizó tiros desde el punto penal.

Atlético Nacional	Deportes Quindío
Clasificado a semifinales	1 grupo B

11 de septiembre de 2013, 19:45	Deportes Quindío	0:1 (0:1)	Atlético Nacional	Estadio Centenario, Armenia
		Reporte	Duque  32'	Árbitro(s): Luis Sánchez

17 de septiembre de 2013, 19:45	Atlético Nacional	1:0 (0:0)	Deportes Quindío	Estadio Atanasio Girardot, Medellín
	Berrío  64'	Reporte		Árbitro(s): Ervin Otero

Alianza Petrolera	Deportes Tolima
Clasificado a semifinales

11 de septiembre de 2013, 19:45	Deportes Tolima	2:1 (1:0)	Alianza Petrolera	Estadio Manuel Murillo Toro, Ibagué
	Mendoza  6' Noguera  88' (pen.)	Reporte	Machado  69'	Árbitro(s): Adrián Vélez

18 de septiembre de 2013, 15:15	Alianza Petrolera	1:0 (0:0) (5:4 p.)	Deportes Tolima	Estadio Álvaro Gómez Hurtado, Floridablanca, Santander
	Rodríguez  90'	Reporte		Árbitro(s): Fernando Camargo
		Tiros desde el punto penal
	Alba Ávila Mora Machado Rodríguez Salgado		Banguero Hurtado del Valle Otálvaro Chará Barrios

Real Cartagena	Deportivo Cali
Clasificado a semifinales

11 de septiembre de 2013, 18:00	Deportivo Cali	2:3 (1:2)	Real Cartagena	Estadio Olímpico Pascual Guerrero, Cali
	Candelo  20' Camacho  60'	Reporte	Mena  25' Cano  27' Cabrera  53'	Árbitro(s): Wilmar Roldán

18 de septiembre de 2013, 18:00	Real Cartagena	2:1 (1:0)	Deportivo Cali	Estadio Jaime Morón León, Cartagena
	Cabrera  39' Mena  90+2'	Reporte	Rivas  59'	Árbitro(s): Carlos Anaya

Millonarios	Fortaleza
Clasificado a semifinales

11 de septiembre de 2013, 19:45	Fortaleza	1:3 (1:2)	Millonarios	Estadio Nemesio Camacho El Campín, Bogotá
	Londoño  82' (pen.)	Reporte	Rentería  8' (pen.) Moreno  34' Otálvaro  66'	Árbitro(s): Wilson Lamouroux

18 de septiembre de 2013, 19:45	Millonarios	1:3 (0:2) (5:4 p.)	Fortaleza	Estadio Nemesio Camacho El Campín, Bogotá
	Rentería  66'	Reporte	Solís  22' Londoño  28' García  62'	Árbitro(s): Álvaro Velandia
		Tiros desde el punto penal
	Rentería Moreno Robayo Torres Otálvaro Zapata		Jaramillo Londoño Rueda Ortiz Mosquera Gómez