Durante la época precolonial, existieron grandes ciudades en el territorio ecuatoriano: Quitu (actual Quito), Guapondelig (actual Cuenca), Liribamba (actual Riobamba), Jocay (actual Manta), etc.

Bartolomé Ruiz echó anclas en la desembocadura de un "río grande" y fue recibido amistosamente. Según el historiador González Suárez, Ruiz encontró en las orillas del río tres pueblos cuyos habitantes estaban engalanados con oro. El piloto continuó su viaje por la costa, y regresó con Pizarro, Almagro y sus hombres. Desembarcaron en una bahía en la que fundaron la DOCTRINARIA a la que por la fecha de su arribo la llamaron de San Mateo de las esmeraldas, entonces en 21 de septiembre de 1526. La recepción por los originarios ya no fue amistosa, por lo que reembarcaron y Pizarro se quedó aguardando refuerzos en la isla del Gallo. El año 1531 volvería Pizarro para la definitiva conquista.

En febrero de 1534 llegó al puerto de Manta la expedición comandada por Pedro de Alvarado. El grupo estaba integrado por 11 barcos, 450 hombres y algunas mujeres, entre ellos el sacerdote Fray Jadoco Ricki, aborígenes centroamericanos y se dice que unos 200 caballos. Alvarado incendió, saqueó el poblado y tomó como prisionero al jefe de la tribu, Lligua Tohalli y a otros indios, porque no encontró la Umiña y los tesoros que se decían existían en este lugar. El jefe Lligua Tohalli fue ahorcado camino a Paján. Se dice que Manta fue fundada el 2 de marzo de 1534 por Alvarado.

El 15 de agosto de 1534, Diego de Almagro fundó la ciudad de Santiago de Quito. Después de esto, en la llanura de Cicalpa, el 28 de agosto de 1534 fundó la ciudad de San Francisco de Quito, correspondiéndole a Sebastián de Benalcázar el establecimiento de San Francisco de Quito en su ubicación actual, el 6 de diciembre de ese mismo año. El conquistador Francisco Pacheco bajo las órdenes de Diego de Almagro, por su parte, fundó San Gregorio de Puerto Viejo en 1535 convirtiéndola a ésta en la primera ciudad asentada en la actual costa ecuatoriana.

Autorizado por Pizarro remontó el Guayas, y la asentó en un lugar cercano a la boca del río Yaguachi sobre el río Amay (Babahoyo), y se la conoció como Santiago de Amay (1535). Asaltada e incendiada por los bravíos Chonos se mudó a la culata del río con el nombre de Santiago de la Culata (1536). Nuevamente asolada, esta vez por la alianza de Chonos y Punáes, escapó a otro punto y fue reconocida como Santiago de la Nueva Castilla (1537). En recurrencia trágica se refugió entre los huancavilcas “que eran gente de paz” (1542), pero nuevamente debieron huir, esta vez a la vera de un pueblo indígena llamado “Guayaquile” (1543). Temiendo retaliaciones construyeron grandes balsas, y, encabezados por los capitanes Olmos, Rodrigo Vargas de Guzmán y Toribio de Castro, 140 personas con su menaje cruzaron el río Amay. Y, el 25 de julio de 1547, día del apóstol Santiago, patrono de la ciudad, atracaron en Las Peñas y asentaron la ciudad en la unión cimera de los cerros que hoy se conocen como Santa Ana y del Carmen. Desde entonces es Santiago de Guayaquil.

La ciudad de Cuenca fue fundada en 1557 sobre las ruinas de la ciudad Inca de Tomebamba, esto fue llevado a cabo por Don Gil Ramírez Dávalos, bajo órdenes del Virrey del Perú.

En la siguiente tabla se ordenan todas las ciudades del país por número de habitantes, según los resultados del censo de 2022.^[2]​

• Anexo:Cantones de Ecuador
• Anexo:Ciudades más altas de Ecuador
• Anexo:Ciudades hermanas en Ecuador
• Conurbación de Quito
• Conurbación de Guayaquil

• Instituto Nacional de Estadísticas y Censos de Ecuador
• Mongabay -Actual Población de las Ciudades de Ecuador (en inglés)
• City Population - Población Histórica de las ciudades de Ecuador (en inglés)