El Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) se organiza en diferentes centros e institutos de investigación e infraestructuras científicas, además de disponer de diversas estructuras técnicas de apoyo. En total existen más de 150 entidades singulares dependientes del CSIC, si bien, de los 121 institutos, 69 son de titularidad propia, 50 son mixtos (compartidos con otras instituciones) y dos son asociados al organismo.
Los centros e institutos de investigación se agrupan temáticamente en 3 áreas globales:
Sociedad, que integra a los centros e institutos del área científica de Humanidades y Ciencias Sociales
Vida, que integra a los de las cuatro áreas científicas de Biología y Biomedicina, Recursos Naturales, Ciencias Agrarias, Ciencia y Tecnología de los Alimentos y
Materia, que integra a los de las tres áreas científicas de Ciencia y Tecnologías Físicas, Ciencia y Tecnología de los Materiales y Ciencia y Tecnologías Químicas.
Muchos centros, como los Centros Oceanográficos del IEO y otros institutos, pueden estar adscritos a más de un área científica.
Humanidades y Ciencias Sociales (Área global: Sociedad)
Instituto de Ciencias del Mar (ICM), Barcelona. Integrado en el Centro Mediterráneo de Investigaciones Marinas y Ambientales (CMIMA) junto a la Unidad de Tecnología Marina (UTM).
Instituto Español de Oceanografía (IEO). Su sede central está en Madrid y cuenta con nueve Centros Oceanográficos, todos adscritos a las áreas científicas Ciencia y Tecnología de Alimentos (Vida), Ciencias Agrarias (Vida) y Recursos Naturales (Vida):
Instituto Geológico y Minero de España (IGME), Madrid. El IGME cuenta con una segunda sede en el municipio madrileño de Tres Cantos donde se encuentran sus laboratorios principales y una litoteca de sondeos en Peñarroya-Pueblonuevo (Córdoba) además de once oficinas de proyectos en diferentes ciudades españolas. El IGME se encuentra adscrito a las áreas científicas Recursos Naturales (Vida), Ciencia y Tecnología de Materiales (Materia) y Ciencia y Tecnologías Químicas (Materia).
Instituto de Productos Naturales y Agrobiología (IPNA), San Cristóbal de la Laguna (Santa Cruz de Tenerife) —Recursos naturales (Vida), Ciencias Agrarias (Vida) y Ciencia y Tecnologías Químicas (Materia)
Infraestructuras científicas y técnicas singulares
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Las Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares son instalaciones de titularidad pública abiertas a toda la comunidad investigadora mediante acceso competitivo. El CSIC gestiona en España las siguientes: