Esta es una lista de canciones cuya versión (en inglés, cover songs o simplemente covers) fue efectuada por Dream Theater, y lista todas las canciones cuya versión fue interpretada completamente o parcialmente por la banda.
El 31 de enero de 1995, Dream Theater dio un concierto especial en el Ronnie Scott's Jazz Club en Londres, Inglaterra. El espectáculo consistió exclusivamente en la interpretación de canciones versionadas, y un número de músicos invitados actuaron con la banda en canciones seleccionadas.
Barney Greenway de Napalm Death hizo la vocalización para el tema Damage Inc. de Metallica, Steve Hogarth de Marillion cantó en Happiness is a Warm Gun, y en Easter; también tocó los teclados en la última, la cual contó además con Steve Rothery de Marillion en la guitarra. Steve Howe de Yes tocó la guitarra en el medley de Yes.
Un número de canciones de esta actuación han sido lanzadas oficialmente por Dream Theater:
Las canciones restantes, aunque nunca han sido lanzadas oficialmente, han circulado como bootlegs.
Durante varios espectáculos en 2002, Dream Theater interpretó el álbum completo Master of Puppets de Metallica. En 2004, la interpretación de dicho disco durante el concierto en la sala Razzmatazz de Barcelona el 19 de febrero de 2002, fue lanzada a través de YtseJam Records como parte de la serie de "bootlegs oficiales" de la banda.
Durante varios espectáculos en 2002 y una vez más en 2004, Dream Theater interpretó por completo el álbum The Number of the Beast de Iron Maiden. La interpretación del 24 de octubre de 2002 en París, Francia fue lanzada en el 2005 a través de YtseJam Records.
Durante la gira de 2003 con Queensryche, las dos bandas tocaron juntas un set corto al final de cada espectáculo. Las canciones interpretadas incluyen Comfortably Numb de Pink Floyd, varias canciones de The Who, y típicamente una canción de Dream Theater y una de Queensryche.
El 2 de agosto de 2005 compartieron la tarima de Nokia Live en Dallas Dream Theater, Dave Mustaine de Megadeth, Burton C. Bell de Fear Factory, y Russell Allen de Symphony X. En Honor a Dimebag Darrell, los artistas se unieron para interpretar Cemetery Gates de Pantera. Dream Theater comenzó la canción con James LaBrie cantando las primeras líneas de los versos. Russell Allen entonces continuó donde Labrie terminó, con Allen and LaBrie cantando el coro juntos. Russell Allen luego dejó la tarima, y Burton C. Bell salió a cantar el siguiente coro con Labrie. Dave Mustaine entonces salió e interpretó el solo final. James Labrie terminó la vocalización de la canción.
De acuerdo a Mike Portnoy, esta interpretación fue cosa de una sola vez, y es poco probable que vuelva a suceder en el futuro.
Esta actuación fue incluida en el DVD de Gigantour.
El 11 de octubre de 2005 (Ámsterdam) y 25 de octubre de 2005 (Londres), Dream Theater interpretó el álbum completo The Dark Side of the Moon de Pink Floyd. Este fue el tercer álbum completo versionado, después de Master of Puppets y The Number of the Beast. La interpretación en Londres fue lanzada a través de YtseJam Records, en CD y DVD.
Uniéndose a la banda para ejecutar el solo vocal en The Great Gig in the Sky estuvo Theresa Thomason, quien ha trabajado previamente con Dream Theater en su álbum Scenes from a Memory y el DVD Metropolis 2000: Scenes from New York.
El 13 de enero de 2006 y 15 de enero de 2006, Dream Theater interpretó el álbum completo Made in Japan de Deep Purple. Este fue el cuarto álbum completo que la banda interpretó, después de Master of Puppets, The Number of the Beast y The Dark Side Of The Moon. Como con otras presentaciones, la interpretación de Made In Japan fue lanzada a través de YtseJam Records.