La banda sonora original de Fullmetal Alchemist se divide en tres álbumes. El primero, fue lanzado el 24 de marzo de 2004.^[1]​ El segundo disco fue lanzado el 15 de diciembre de 2004,^[2]​ mientras que el tercero, el 18 de mayo de 2005.^[3]​ Los álbumes estuvieron a cargo de la compositora Michiru Oshima.^[4]​ Durante la serie original, se presentan cuatro openings y cuatro endings.^[4]​, mientras que en la segunda se presentan cinco openings y endings.

1. Episodios 2 al 13: "Melissa" por Porno Graffitti
2. Episodios 14 al 25: "Ready Steady Go" por L'Arc~en~Ciel
3. Episodios 26 al 41: "UNDO" por Cool Joke
4. Episodios 42 al 51: "Rewrite" por Asian Kung-Fu Generation
5. Película: "Link" por L'Arc~en~Ciel

1. Episodio 1: "Melissa" por Porno Graffiti
2. Episodios 2 al 13: "Kesenai Tsumi" por Nana Kitade
3. Episodios 14 al 25: "Tobira No Mukō He" por YeLLOW Generation
4. Episodios 26 al 41: "Motherland" por Crystal Kay
5. Episodios 42 al 50: "I Will" por Sowelu
6. Película: "Lost Heaven" por L'Arc~en~Ciel

1. Episodios 1 al 14: "Again" por YUI
2. Episodios 15 al 26: "Hologram" por NICO Touches the Walls
3. Episodios 27 al 38: "Golden Time Lover" por Sukima Switch
4. Episodios 39 al 50: "Period" por CHEMISTRY
5. Episodios 51 al 64: "Rain" por SID
6. Película: "Chasing Hearts" por miwa

1. Episodios 1 al 14: "Uso" por SID
2. Episodios 15 al 26: "LET IT OUT" por Miho Fukuhara
3. Episodios 27 al 38: "Tsunaida te" por Lil'B
4. Episodios 39 al 50: "Shunkan Sentimental" por Scandal
5. Episodios 51 al 62: "RAY OF LIGHT" por Shoko Nakagawa
6. Episodio 63: "Rain" por SID
7. Episodio 64: "Hologram" por NICO Touches the Walls
8. Película: "Good Luck My Way" por L'Arc-en-Ciel

• "Kodoku" Interpretado por Oshima Michiru
• "Bratja" Interpretado por Oshima Michiru
• "Drama" Interpretado por SID

Referencia:^[5]​

1. Regresar (帰路, Kiro^?)
2. Intercambio Equivalente (等価交換, Tōka Kōkan^?)
3. Melissa (メリッサ, Merissa^?)
4. Grado (称号, Shōgō^?)
5. Atmósfera pura (天高気清, Tenkō Kisei^?)
6. Calle (街路, Gairo^?)
7. Recuerdos (思い出, Omoide^?)
8. Su amada hija (愛娘, Manamusume^?)
9. Alquimista de mota (豆粒錬金術師, Mametsubu Renkinjutsushi^?)
10. Armonía positiva (陽和, Youwa^?)
11. Disturbio (動揺, Dōyō^?)
12. Infiltración (潜入, Sennyū^?)
13. Menear (蠢動, Shundō^?)
14. Firme (牢固, Rōko^?)
15. Ataque excesivo (浸攻, Shinkō^?)
16. Destino (宿命, Shukumei^?)
17. Separación (宿命, Betsuri^?)
18. Patético (悲愴, Hisō^?)
19. Expiación (贖罪, Shokuzai^?)
20. Puesta de sol (落陽, Rakuyō^?)
21. Piedra de sabio (賢者の石, Kenja No Ishi^?)
22. Ishval (イシュヴァール, Ishuvāru^?)
23. Cielo (天上, Tenjou^?)
24. Scar (スカー, Sukā^?)
25. Neblina (暗雲, Anun^?)
26. Tabú (禁忌, Kinki^?)
27. Amestris (アメストリス, Amesutorisu^?)
28. Reunión (再会, Saikai^?)
29. Cordialidad (ぬくもり, Nukumori^?)
30. Corazón de acero (鋼の心, Hagane No Kokoro^?)
31. Empresa ambiciosa (壮途, Sōto^?)
32. Hermanos (ブラーチヤ, Burācha)^?)
33. Pecado imborrable (消せない罪, Kesenai Tsumi^?)

Referencia:^[6]​

1. Ready Steady Go
2. Amor (恩愛, On'ai^?)
3. Pecado (罪, Tsumi^?)
4. Peleando valientemente (敢闘, Kantō^?)
5. Homúnculo (ホムンクルス, Homunkurusu^?)
6. Soledad (孤独, Kodoku^?)
7. Carrera (空転, Kūten^?)
8. Permanecer (残滓, Zanshi^?)
9. Solo (寥々, Ryōryō^?)
10. Lujuria (春情, Shunjō^?, Lust)
11. Latido (脈動, Myakudō^?)
12. Vida y muerte (死生, Shisei^?)
13. Rápidamente (神速, Shinsoku^?)
14. Avaricia (強欲, Gōyoku^?, Greed')
15. Hilo de la vida (命脈, Meimyaku^?)
16. Existencia efímera (露命, Romei^?)
17. Indignación (悲憤, Hifun^?)
18. Usurpación de emociones (感奪, Kandatsu^?)
19. Vacío (空虚, Kūkyo^?)
20. Horizonte (天涯, Tengai^?)
21. Inmortalidad (無窮, Mukyou^?)
22. Eternidad (久遠, Kuon^?)
23. Estupendo (絢爛, Kenran^?)
24. Bosque profundo (深い森, Fukai Mori^?)
25. Dante (ダンテ, Dante^?)
26. Advertencia ( 戒飭, Kaichoku^?)
27. Apocalipsis (啓示, Keiji^?)
28. Patriotismo (憂国, Yūkoku^?)
29. Recolección (追想, Tsuisou^?)
30. Hacia más allá de la puerta (扉の向こうへ, Tobira No Mukō e^?)

Referencia:^[7]​

1. Rewrite (リライト, Riraito^?)
2. Hermanos (兄弟, Kyoudai^?)
3. Cruce (岐路, Kiro^?)
4. Patético (哀切, Aisetsu^?)
5. Traje de vuelta (帰衣, Kei^?)
6. Optimista (暢気, Nonki^?)
7. Estrategia (策謀, Sakubō^?)
8. Remordimiento (後悔, Kōkai^?)
9. Marcha (進軍, Shingun^?)
10. Canción de Victoria (進軍, Gaika^?)
11. Peleando valientemente (敢闘, Kantō^?)
12. Esperanza (希望, Kibou^?)
13. "Motherland" (マザーランド, Mazārando^?)
14. Recolección (追憶, Tsuioku^?)
15. Undo
16. Bailando (舞踏, Butō^?)
17. Navegando bajo el mar (潜行, Senkō^?)
18. Sospecha (嫌疑, Kengi^?)
19. Agresión (侵略, Shinryaku^?)
20. Control (支配, Shihai^?)
21. Dolor (哀傷, Aishō^?)
22. Pieza de separación (別れの曲, Wakare No Kyoku^?, versión piano)
23. Oprimiendo a los rebeldes (征圧, Seiatsu^?)
24. Violación (蹂躙, Jūrin^?)
25. Destino (運命, Unmei^?)
26. Pieza de separación (別れの曲, Wakare No Kyoku^?)
27. I Will