Asistió a la escuela en Nordhausen 1660 y posteriormente 1662 a Quedlinburg, completando su educación musical bajo la dirección de sus tíos Heinrich Christian Werckmeister y Heinrich Víctor Werckmeister, ambos notables organstas.

El 24 de diciembre de 1664 se convirtió en organista en la villa de Hasselfelde, próximo de Blankenburg, donde permaneció durante 10 años.^[1]​

Finalmente se convirtió en organista de la iglesia de San Martín Halberstadt en 1696.

Werckmeister es más conocido y recordado hoy en día como teórico, en particular a través de sus escritos Musicae mathematicae (1687) y Musikalische Temperatur (1691),^[2]​ (un sistema de afinación para teclados) y describió un sistema de temperamento conocido ahora como temperamento Werckmeister, contrastando con el temperamento mesotónico usado habitualmente en los siglos XVI y XVII.

• Musicae mathematicae hodegus curiosus... (1687)
• Musikalische Temperatur, oder... (1691)
• Der Edlen Music-Kunst... (1691)
• Hypomnemata musica (1697)
• Erweierte und verbesserte Orgel-Probe (1698)
• Die nothwendigsten Anmerckungen und Reglen, wie der Bassus continuus... (1698)
• Cribrum musicum (1700)
• Harmonologia musica (1702)
• Musikalische Paradoxal-Discourse (1707)

De sus composiciones se conservan solamente un libro de piezas para violín y bajo continuo titulado Musikalische Privatlust (1689) y una Navidad cantada: Wo ist der Neugeborne König der Juden.

• Bakker Pieter, Andreas Werckmeister : Die historische Einordnung seiner Schriften. Stichting De Studenten Uitgeverij, Schraard 1998.
• Johann Melchior Götze, Der Weitberühmte Musicus und Organista wurde bey trauriger Leich-Bestellung des Weyland edlen und Kunst-Hoch-erfahrnen Herrn Andreae Werckmeisters... in einer Stand-Rede dargestellet. 1707 (1970)
• Biographie dans « Monatshefte für Musikgeschichte » (3) 1871.
• Dammann Rolf, Zur Musiklehre des Andreas Werckmeister. Dans « Archiv für Musikwissenschaft » (11) 1954
• Dupont Wilhelm (1909-....), Geschichte der musikalischen Temperatur. Nördlingen 1935
• Kelletat Herbert, Zur Tonordnung (Wohltemperierung) im Werke Johann Sebastian Bach. Dans «Annales universitaires Saravisiensis» (11, 1) 1960
• Kellener A., A propos d'une réimpression de la Musikalische Temperatur (1691) de Werckmeister. Dans « Revue de Musicologie » (71) 1985, p. 184-187.
• Pfrogner Hermann (1911-....), Der Clavis. Dans « Andreas Werckmeister, Nothwendigsten Anmerckungen und Regeln », Kongress-Bericht, Bamberg 1953.
• Riemann Hugo (1849-1919), Geschichte der Musiktheorie im IX.-XIX. Jahrhundert. Leipzig, M. Hesse 1898 ; 1920 ; New York, Da Capo Press 1972 ; 1974 [books I and II, polyphonic theory to the sixteenth century, translated in english, with a pref., commentary, notes by Raymond H. Haggh]
• Serauky Walter (1903-1959), Andreas Werckmeister, als Musiktheoretiker. Dans « Festschrift M. Schneider », Halle 1935

•   Wikimedia Commons alberga una galería multimedia sobre el temperamento Werckmeister.