Fue la tercera de los siete hijos habidos en el matrimonio formado por Cristián Augusto II, duque de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenborg y su esposa la condesa danesa Luisa Sofía de Danneskiold-Samsøe.^[1]​ Fue la segunda de las cuatro hembras fruto del matrimonio. De sus seis hermanos, solo cuatro llegarían a adultos:

• Luisa Augusta (1824-1872), murió soltera.
• Federico VIII, duque de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg (1829-1880)
• Cristián (1831-1917), casado con la princesa Elena del Reino Unido, hija de la reina Victoria.
• Enriqueta (1833-1917), casada morganáticamente en 1872 con el médico militar y académico, Juan Federico von Esmarch.

Tras la Guerra de Schleswig-Holstein y de acuerdo con el Tratado de Viena (1864), Dinamarca aceptó el pago de su respectiva dotación económica junto a la de otras princesas de Schleswig-Holstein.^[2]​

La princesa llegaría a residir en la ciudad francesa de Pau hacia la segunda mitad de la década de 1870, participando activamente en la vida social local.^[3]​ Durante esta temporada en Francia la princesa se haría bastante popular, hecho especialmente relevante tras la Guerra franco-prusiana de 1870. En el invierno de 1878/1879 recibiría la visita de sus sobrinas Augusta Victoria (que sería esposa del futuro Guillermo II de Alemania) y Feodora en Pau.^[4]​ Durante el tiempo anterior a la boda de su sobrina con el futuro Guillermo II de Alemania realizó distintos viajes con esta, incluyendo viajes para visitar a la familia del joven príncipe Guillermo de Prusia.^[5]​

Al final de su vida, su figura se vio envuelta en un escándalo ocurrido en 1901 que llegó a judicializarse en 1907. Se acusó a su criada Anne Milewsky de abuso de confianza y de robar las joyas de la princesa. El acusador fue el sobrino-nieto de esta, Ernesto Gunter II, duque de Schleswig-Holstein. Durante un viaje a Egipto de la princesa y su sirviente, Ernesto Gunter envió a su ayudante de campo para detraer a Anne Milewsky de la princesa. Tras obligar a la última a separarse de la princesa, el ayudante de campo descubrió en el equipaje de Anne Milewsky algunas joyas de Amalia. La princesa Amalia moriría al poco tiempo en Egipto y no pudo estar presente en el proceso judicial que siguió a los hechos El resultado del proceso judicial declaró probado el abuso de confianza, pero no el robo.^[6]​

Nunca se casó. Fue conocida en la familia como "Tía Malio".^[7]​

Murió en El Cairo en 1901.

1. ↑ «Kongelig Dansk Hof-og Stats-Calender: for Schalt Jahr 1832.». Kongelig Dansk Hof-og Stats-Calender (en danés): 583. 1832. 
2. ↑ Winterfeld, Carl von (1865). «4. Frieden von Wien. Art. 16». Der Schleswig-Holstein'sche Krieg von 1864 (en alemán). Döring. p. 328. Consultado el 20 de mayo de 2022. 
3. ↑ Hare, Augustus J. C. (1900). «Nota 206». Story of My Life (en inglés). Londres: George Allen. Consultado el 20 de mayo de 2022. 
4. ↑ Die Grenzboten (en alemán). F.L. Herbig. 1893. Consultado el 20 de mayo de 2022. 
5. ↑ Rohl, John C. G.; Röhl, John C. G. (1993). Wilhelm II: die Jugend des Kaisers, 1859-1888 (en alemán). C.H.Beck. p. 360. ISBN 978-3-406-37668-9. Consultado el 20 de mayo de 2022. 
6. ↑ Hugueney, L. (Junio de 1907). «Chronique judiciaire. La princesse et la femme de chambre». Revue pénitentiaire et de droit pénal: bulletin de la Société générale des prisons (en francés) (París) 31 (6): 806-808. 
7. ↑ Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg, Luisa Sofía de (1939). Behind the Scenes at the Prussian Court (en inglés). J. Murray. Consultado el 21 de mayo de 2022.