Estudió teología en la Universidad de Basilea como alumno de Wilhelm Martin Leberecht de Wette y Wilhelm Wackernagel, donde, junto con su buen amigo Jacob Burckhardt, se aventuró en la poesía. En 1839 se trasladó a la Universidad de Berlín, donde fue alumno de Wilhelm Vatke. En Berlín, se dedicó al estudio de las obras de Friedrich Daniel Ernst Schleiermacher y Georg Wilhelm Friedrich Hegel. Además de Schleiermacher y Hegel, otra influencia importante fue la de un contemporáneo, el teólogo alemán David Friedrich Strauss.^[3]​^[4]​

De 1843 a 1850 fue pastor en la ciudad de Münchenstein, y durante este período (1845-1850), junto con David Fries (1818-1875), fue editor de Kirche der Gegenwart, una publicación de teología especulativo-crítica. En 1850, a pesar de la oposición de los conservadores, fue nombrado profesor asociado de teología en la Universidad de Zúrich.^[3]​^[4]​ En 1860 obtuvo la cátedra de dogmática en Zúrich.^[1]​^[2]​

Fue miembro de la Schweizerischer Zofingerverein (Zofingia) y participó en la Mittwochsgesellschaft de Alfred Escher. A partir de 1871, participó activamente en la política cantonal, siendo miembro del partido liberal-conservador.^[3]​^[4]​

• Die freie Theologie oder Philosophie und Christentum in Streit und Frieden, 1844 – La teología o filosofía libre y el cristianismo en el conflicto y en la paz.
• Unsere junghegelsche Weltanschauung oder der sogennante neuste Pantheismus, 1849 – La joven filosofía hegeliana o el denominado último panteísmo.
• Christliche Dogmatik, 1869 – Dogmática cristiana (citada por el psicólogo Carl Gustav Jung en su autobiografía).
• Heinrich Lang, 1876 – una biografía de Heinrich Lang.
• Strauss et la théologie contemporaine, 1882 (traducido del alemán por Charles Ritter y Pierre Vaucher) – David Friedrich Strauss y la teología contemporánea.
• Ausgewählte Vorträge und Aufsätze, 1885 – Conferencias y ensayos seleccionados con una introducción biográfica de Johann Kradolfer (1835-1897).^[5]​

Libros escritos sobre Alois Emanuel Biedermann:

• Der junge Alois Emanuel Biedermann: Lebensweg und theologische Entwicklung bis zur "Freien Theologie" 1819-1844 por Thomas K. Kuhn: Mohr Siebeck, 471 páginas (1997) – El joven Alois Emanuel Biedermann: viaje y desarrollo teológico hacia la "teología abierta" 1819-1844.^[6]​

• Liturgy Wars: Ritual Theory and Protestant Reform in Nineteenth-Century Zurich por Theodore M. Vial