El aeropuerto cuenta con una terminal que puede servir a 150.000 pasajeros en un año. En esta terminal se ofrecen distintos tipos de servicios aeroportuarios: mostradores de aerolíneas, restaurantes, puntos de seguridad, presencia militar y enfermería. En la parte exterior del aeropuerto hay un estacionamiento con capacidad para unos 220 automóviles, vigilado por las autoridades locales.^[2]​

En lo referente a las capacidades, el aeropuerto puede recibir aviones como los Airbus A318, A319, A320, A320neo, A321, A321neo e incluso el Airbus A330-200; Boeing 717, 737 Classic, 737 Next Generation y 737 MAX y 757-200. Además, podrá operar todos los modelos Bombardier CRJ100/200 y CRJ700/900/1000, De Havilland Canada Dash 8, Embraer E-Jets, E-Jets E2, ATR 42 y ATR 72 sin mayores problemas, esto gracias a su pista de hormigón de 2300 metros de largo por 45 de ancho.^[3]​ Además, el aeropuerto cuenta con hangares, con el personal y con equipos adecuados para prestar mantenimiento a estos aviones.

En octubre de 2009, el entonces presidente, Rafael Correa, aprobó créditos para la remodelación y modernización del aeropuerto. Entre las áreas que serían mejoradas se encontraban la pista, en la cual se tuvieron que remover 7 centímetros de asfalto para que esta quedase pareja, la instalación de nuevos equipos de seguridad aeroportuaria (detectores de metales, rayos X y cámaras de seguridad), la construcción de dos nuevos hangares y la remodelación total del interior de la terminal. La remodelación se terminó 28 días antes de la fecha prevista por los ingenieros a cargo de la obra. El 12 de enero de 2010, el entonces presidente, Rafael Correa, inauguró las nuevas instalaciones del aeropuerto, a la vez que la línea aérea estatal, TAME, anunciaba el inicio de operaciones hacia y desde el aeropuerto.

Actualmente el Aeropuerto de Nueva Loja es el de aeropuerto más importante de la Provincia de Sucumbíos.^[1]​ Destaca por el elevado número de operaciones chárter; sin embargo, no opera vuelos regulares desde 2020, cuando Aeroregional tomó el relevo de TAME tras su cese sus operaciones.^[4]​

En la actualidad no se operan vuelos regulares en este aeropuerto.