Después de que se completaron las instalaciones críticas en 2006, el aeropuerto actual reemplazó al aeropuerto más pequeño de Merowe Town de 3 kilómetros (1,9 millas) al oeste.^[1]​ El nuevo aeropuerto de Merowe ha albergado aviones de combate de la Fuerza Aérea de Sudán, pero no alberga ninguna unidad estacionada a tiempo completo.^[2]​

El aeropuerto fue atacado durante los primeros combates de la tercera guerra civil sudanesa el 15 de abril de 2023, donde las milicias de las Fuerzas de Apoyo Rápido capturaron a soldados egipcios que realizaban ejercicios militares conjuntos con sus homólogos sudaneses.^[3]​