El aeropuerto de Bari fue en sus inicios un aeropuerto militar, localizado en las afueras de Bari. En los 60 fue abierto a los vuelos civiles y comenzaron los vuelos regulares civiles de Alitalia a Roma, Catania, Palermo, Ancona y Venecia. Las rutas fueron más tarde operadas por ATI, utilizando un Fokker F27. Cuando ATI puso en operación el nuevo DC-9-30 se convirtió en una necesidad el construir una nueva pista, mientras que el complejo militar fue utilizado como terminal de pasajeros.

En 1981 una nueva construcción fue completada, que inicialmente se pensó para funcionar como terminal de carga, si bien finalmente se convirtió en la nueva terminal de pasajeros. En 1990, con el Mundial de Fútbol, la pista fue ampliada y la terminal mejorada, sin mayores renovaciones hasta 2000.

Sin embargo, el incremento de tráfico mostró las limitaciones de las infraestructuras del aeropuerto y en 2002 se dio el primer paso hacia la construcción de una nueva terminal de pasajeros. En ese mismo momento, las infraestructuras de vuelo (plataforma de aeronaves, pista, etc.) fueron mejorados. En 2005, la nueva terminal estaba concluida y fue abierta a los pasajeros.

En 2005, los trabajos de construcción de una nueva torre de control comenzaron y se prolongaron hasta el siguiente año. En 2006 se comenzó otra ampliación de pista, y en 2007 los planes para ampliar la terminal fueron aprobados.

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• El 6 de agosto de 2005, el Vuelo 1153 de Tuninter, un ATR 72 de Tuninter en ruta de Bari a Djerba, Túnez, sobrevolaba el Mar Mediterráneo a unas 18 millas de la ciudad de Palermo. Dieciséis de las treinta y nueve personas a bordo murieron. El accidente fue provocado por un fallo de combustible por colocar el indicador de cantidad de un ATR 42 en el ATR 72.^[2]​

• Anexo:Aeropuertos de Italia

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