Los antecedentes de la Academia de San Carlos se remontan a partir de su fundación, cuando importantes artistas y arquitectos novohispanos solicitaban a las autoridades y al Rey de España la creación de una Academia en donde se impartieran el arte de la pintura y escultura.^[2]​ Tal es el caso que Miguel Cabrera, propone en el año de 1753 la necesidad de la creación de una Academia titulada como "Academia de la muy Noble e inmemorial Arte de la Pintura".^[2]​ Sin embargo, las solicitudes de él y varios artistas no fueron contestadas.

Hacia el año de 1779, el tallador mayor de la Casa de Moneda, Jerónimo Antonio Gil, quien ya había solicitado la fundación de una escuela de grabado para mejorar la producción y acuñación del metal, también solicita a las autoridades de la Casa de Moneda, a las virreinales y al Rey de España la creación de una Academia similar a la entonces Real Academia de las Nobles Artes de San Fernando en la capital de la metrópoli^[3]​ con el fin de mejorar todavía más la producción de monedas y contar con mejores arquitectos. Así pues contando con aprobación, el día cuatro de noviembre de 1781 y en honor al rey Carlos III, se comienzan a impartir las clases bajo el nombre de Academia de las Tres Nobles Artes de San Carlos: arquitectura, pintura y escultura de la Nueva España.^[4]​ Dos años más tarde, es fundada por Real Cédula el día 25 de diciembre de 1783 bajo el nombre de Real Academia de San Carlos de las Nobles Artes,^[5]​ bajo el amparo de San Carlos Borromeo.^[2]​ De tal forma que las clases comienzan a ser impartidas por Jerónimo Antonio Gil y, posteriormente, se envían maestros de la Academia de San Fernando para dirigir y enseñar las áreas que se impartían.

La primera sede de la academia estuvo en el edificio que correspondió a la Casa de Moneda en donde se impartieron clases hasta el año de 1791, cuando se decidió cambiar la sede a un lugar cercano, destinándose el edificio que fuera del antiguo Hospital del Amor de Dios.^[6]​ En 1858, el arquitecto italiano Javier Cavallari renovó la antigua construcción basándose en modelos del gusto renacentista, es decir, utilizando en la fachada el almohadillado, ventanas adoveladas y medallones.^[7]​

En 1910, con motivo del Centenario de la Independencia de México, el gobierno de Italia regaló a México una réplica en bronce del San Jorge de Donatello, el cual fue instalado en un nicho en la esquina de Academia y Moneda. Dicha escultura fue dañada en 2005 por comerciantes ambulantes, quienes al colgar sus puestos usaban la propia escultura, propiciando que la cabeza fuera desprendida.^[8]​ Luego de su restauración fue resguardada en la biblioteca de la academia y una réplica adicional colocada en su lugar. En 1912 el arquitecto Antonio Rivas Mercado diseñó la bóveda de hierro y cristal que cubre el patio.^[9]​

Durante la época de la Revolución Mexicana la Academia cerró por tres años y fue reabierta como Escuela Nacional de Bellas Artes incorporada a la Universidad Nacional de México.^[10]​

En 1929, cuando a la Universidad Nacional de México recibió su autonomía la Academia se dividió en Escuela Nacional de Arquitectura y Escuela Central de Artes Plásticas y en 1933 esta última cambió de nombre a Escuela Nacional de Artes Plásticas.

El edificio que ocupa actualmente la Academia de San Carlos se remonta al siglo XVI ya que se instaura en la sede del Real Hospital del Amor de Dios y ante la falta de fondos para construir un edificio debido a la orden de Carlos III se decidió trasladar a este lugar la Academia de San Carlos en 1791. En el año de 1852 Javier Cavallari dirige el proyecto de restauración del edificio que se caracteriza por ser de estilo renacentista italiano, se realiza el almohadillado del primer cuerpo de la fachada y se colocan 6 medallones con los rostros de Jerónimo Antonio Gil, Carlos III, José Bernardo Couto (benefactor de la Academia), Manuel Tolsá, Miguel Ángel y Rafael. Sin embargo, para la protección del inmueble se terminó de construir en 1913 un domo de hierro y vidrio prefabricado estilo art-nouveau. Su instalación estuvo a cargo de los arquitectos Manuel y Carlos Ituarte, durante el periodo de director de Manuel Gorozpe, sucesor de Antonio Rivas Mercado.^[11]​

La Universidad Nacional se inauguró en septiembre de 1910, aglutinando siete escuelas de estudios superiores, entre ellas la Escuela Nacional de Bellas Artes, nombre que tenía entonces la Academia de San Carlos. Sin embargo para el proyecto inicial de la Universidad Nacional se incluyó únicamente la sección de Arquitectura, dejando a un lado a las de Pintura y Escultura.

Durante el gobierno de Venustiano Carranza en 1917, se propuso que la Universidad Nacional de México (UNM) pudiera ocupar la mayoría de las atribuciones de la educación superior, y fue así como se le incorporaron varias instituciones como la Biblioteca y la Hemeroteca nacionales, el Observatorio Astronómico Nacional, el jardín botánico y las Escuelas de Arte,^[12]​ entre ellas la Escuela de Pintura y Escultura de San Carlos, así como la Escuela de Pintura al Aire Libre.

En 1929, la Universidad obtuvo su autonomía con lo que se pudo hacer la separación "oficial" de ambas escuelas: la de Arquitectura y la de Pintura y Escultura, esta última tomaría entonces el nombre de Escuela Central de Artes Plásticas y, posteriormente en 1933 Escuela Nacional de Artes Plásticas.

Hacia los años 1953-1954 la Escuela Nacional de Arquitectura se mudaría a la recién inaugurada Cuidad Universitaria, al sur de la Ciudad de México, dejando Escuela Nacional de Artes Plásticas en el edificio de la Academia de San Carlos hasta el año de 1979 en que esta se mudaría también, en esta ocasión a la delegación Xochimilco, también al sur de la ciudad, quedando el recinto de San Carlos únicamente la división de Posgrado y funcionando también como museo.

Cuenta con extensión y difusión cultural. Ofrece cursos, conferencias, simposios, coloquios, ferias de libro, danza, música, performances y exposiciones. Además, permanecen ahí su archivo, biblioteca y colecciones. Uno de los atributos históricos de la Facultad de Artes y Diseño es que ha confirmado su vocación de producir, adquirir, conservar y difundir bienes artísticos.^[13]​ Al ser una academia de artes sus funciones se dividen en dos: 1)La semana de Dibujo Experimental que se caracteriza por ser una serie de talleres donde se explora el dibujo de manera creativa 2) Preservar, catalogar y restaurar colecciones

Es importante mencionar que ha sido un museo que se ha trasladado a la virtualidad que se caracteriza por ser "Exposiciones en 3D" y "VTOURS 360" que presentan obras, objetos e información de cada uno de los elementos presentados en el museo, creada por estudiantes y profesores de la Facultad de Artes y Diseño de la UNAM (FAD). Esto muestra una adaptación constante del museo para difundir sus propuestas museísticas. Es importante mencionar que dicha pltaforma también se establece como un repositorio que muestras las exposiciones anteriores y actuales.

La Academia de San Carlos cuenta con más de 64 mil piezas en su acervos, las cuales se dividen en:

1. Estampa: conformada por más de 15 mil piezas las cuales consideraba a los modelos grecorromanos como el canon de belleza a seguir.
2. Dibujo: compuesta por más de 10 mil piezas que abarcan desde los inicios de la Antigua Academia de San Carlos en el siglo XVIII hasta finales del siglo XX.
3. Numanística: el origen de esta colección se remonta a 1778 cuando Jerónimo Antonio Gil, nombrado por el rey Carlos III Grabador mayor de la Real Casa de Moneda de la Nueva España.
4. Escultura:se integra por reproducciones vaciadas en yeso de distintos periodos estilísticos y se constituyó desde finales del siglo XVIII hasta la primera mitad del siglo XX.
5. Expresiones alternativas: conformado por más de 500 piezas.
6. Fotografía: consta de aproximadamente 10 mil piezas.^[14]​

• Escuela Nacional de Artes Plásticas
• Facultad de Arquitectura (UNAM)
• Museo Nacional de San Carlos
• Universidad Nacional Autónoma de México

•   Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Academia de San Carlos.
• Sitio oficial de la Maestría en Artes Plásticas.
• Academia de San Carlos. Historia mínima del arte mexicano en el siglo XX.
• Reportaje sobre la Academia de San Carlos en sus 225 años de vida, de la web de arts-history.com.mx