La Academia fue fundada en 1759 por el entonces Príncipe elector Maximiliano III José de Baviera. El proyecto fue iniciado por el concejal Johann Georg von Lori, fundador de la Sociedad de Sabios de Baviera (Bayerische Gelehrten Gesellschaft). Originalmente, la Academia contaba con dos divisiones, la Clase de Historia (Historische Klasse) y la Clase de Filosofía (Philosophische Klasse); las ciencias naturales, incluidas la matemáticas y la física, eran consideradas parte de la Clase de Filosofía. Hoy en día, la Academia aún se encuentra dividida en dos clases, pero estas son ahora la Clase de Filosofía e Historia (que incluye las ciencias sociales y humanas) y la Clase de Matemáticas y Ciencias Naturales.

En cada clase, el número de miembros ordinarios se limita a 45, y el número de miembros correspondientes se limita a 80. Sin embargo, los miembros ordinarios en, o sobre, la edad de 70 años no se cuentan para este límite, por lo tanto el número de miembros ordinarios, por lo general es alrededor de 120.

Durante el curso de su historia, la academia ha tenido numerosos miembros famosos, entre ellos Johann Wolfgang von Goethe, los hermanos Grimm, Theodor Mommsen, Anthimos Gazis, Alexander y Wilhelm von Humboldt, Kurt Sethe, Max Planck, Otto Hahn, Albert Einstein, Max Weber, Werner Heisenberg y Adolf Butenandt.

El primer Presidente fue el director de la Casa de la Moneda y de la Comisión de Minería, Sigmund Count de Haimhausen. Entre los presidentes estuvieron Friedrich Heinrich Jacobi, Friedrich Wilhelm von Schelling, Justus von Liebig, Ignaz von Döllinger, Max von Pettenkofer y Walther Meißner.

Karl-Heinz Hoffmann	2011
Dietmar Willoweit	2006–2010
Heinrich Nöth	1998–2005
Horst Fuhrmann	1992–1997
Arnulf Schlüter	1986–1991
Herbert Franke	1980–1985
Walter Rollwagen	1977–1979
Hans Raupach	1970–1976
Robert Sauer	1964–1970
Friedrich Baethgen	1956–1964
Richard Wagner	1952–1956
Heinrich Mitteis	1950–1952
Walther Meißner	1946–1950
Mariano San Nicolò	1944–1945
Karl Alexander von Müller	1936-1944
Leopold Wenger	1932–1935
Karl Ritter von Goebel	1930-1932
Eduard Schwartz	1927–1930
Max Franz Maria von Gruber	1924–1927
Hugo von Seeliger	1919–1923
Otto Crusius	1915–1918
Karl Theodor von Heigel	1904-1915
Karl Alfred von Zittel	1899–1904
Max von Pettenkofer	1890–1899
Johann Joseph Ignaz von Döllinger	1873–1890
Justus von Liebig	1859–1873
Friedrich Wilhelm von Thiersch	1848–1859
Maximilian Prokop von Freyberg	1842–1848
Friedrich Wilhelm Joseph von Schelling	1827–1842
Friedrich Heinrich von Jacobi	1807–1812
Anton Clemens von Törring-Seefeld	1793-1807
Maximilian Joseph von Seinsheim	1769–1787
Johann Joseph von Baumgarten	1768–1769
Max Emanuel von Törring-Jettenbach	1762–1768
Joseph Franz Maria von Seinsheim	1761-1762
Sigmund Ferdinand von Haimhausen	1759-1761; 1787-1793

Para la consecución de los proyectos a largo plazo, la Academia forma Comisiones. En la actualidad, 39 Comisiones emplean a más de 300 personas.

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