Un grupo de médicos de la ciudad de Quito, presidido por el Dr. Raúl Murgueytio, se propuso establecer esta organización Académica de médicos de Ecuador, el 15 de septiembre de 1958, con sede en la ciudad de Quito, que contaría con especialistas de las diferentes ramas de la medicina. El Estatuto fue aprobado en el Ministerio de Previsión Social de aquel tiempo con el visto bueno del Ejecutivo el 24 de marzo de 1959.

La primera Directiva estuvo presidida por el Dr. Raúl Murgueytio, médico dermatólogo especializado en Estados Unidos. Se realizaron y aprobaron diversas reformas al estatuto en 1974, 1994 y 1998. El Reglamento Interno de la AEM y el Reglamento del Comité ético independiente para la investigación de la AEM fueron aprobados por unanimidad en la Asamblea de Académicos de Número realizada el 9 de julio de 2003.

Los fines de la organización se plasman en el estatuto probado por el Ministerio de Salud Pública el 16 de junio de 1998.^[1]​ El principal propósito es fomentar el continuo desarrollo de la práctica de la medicina en el Ecuador, tanto en el área educativa, práctica y de investigación. La organización coopera con el Consejo Nacional de Salud y con el Estado Ecuatoriano en el estudio y solución de los problmas de salud de país y mantiene vínculos con organismos similares, tanto a nivel nacional como internacional.

La Academia Ecuatoriana de Medicina, tiene su sede en uno de los Pabellones que en otro tiempo fuera el Hospital Eugenio Espejo. En este mismo edificio se encuentra la Biblioteca de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Central del Ecuador, en la planta baja; en otro Pabellón vecino se encuentra funcionando el Museo Nacional de Historia de la Medicina “Eduardo Estrella”, todo este conjunto forma parte del Centro de Convenciones Eugenio Espejo.

La Academia Ecuatoriana de Medicina tiene en la actualidad una Biblioteca que lleva el nombre Rodrigo Fierro Benítez, expresidente de la AEM, quien fuera Ministro de Salud Pública del Ecuador en la Presidencia del abogado Jaime Roldós Aguilera (1979-1981). La creación de la biblioteca surge de la iniciativa del Presidente de la AEM Ac. Dr. Reinaldo Páez Zumárraga para disponer de material de consulta, libros, revistas, folletos y que allí se resguarde el archivo de la AEM.

En la historia del Ecuador hay personajes como Eugenio Espejo, considerado el Primer Bibliotecario de la Biblioteca Nacional, gracias al legado dejado por los jesuitas luego de la expulsión de América en el año de 1767; en otros médicos han dedicado su vida a la recolección de datos y han realizado un aporte importante a la bibliografía Nacional de las ciencias en general y de la medicina en particular como Luis A. León Vinueza, Mauro Madero, Francisco Parra Gil, Plutarco Naranjo Vargas, Eduardo Estrella Aguirre,^[2]​ Edison Calvachi Cruz^[3]​ y el mismo Dr. Rodrigo Fierro Benítez quien recopila bibliografía médica nacional y Bibliografía Científica Médica publicada en el exterior en 1995.^[4]​^[4]​

• Anexo:Academia Ecuatoriana de Medicina

• Academia Nacional de Medicina (Argentina)
• Academia Chilena de Medicina
• Real Academia Nacional de Medicina de España (fundada en 1861)
• Academia Nacional de Medicina de México (fundada en 1864)
• Academia Nacional de Medicina de Venezuela (fundada en 1904)

• Archivos de la Academia Ecuatoriana de Medicina, 1992-1994 (Editor Patricio López Jaramillo). 1994. Quito: Ediciones Científicas, NOCION.
• Archivos de la Academia Ecuatoriana de Medicina, 2002-2004 (Editor José Miguel Alvear). 2004. Quito.
• Archivos de la Academia Ecuatoriana de Medicina, 2006-2008 y 2008-2010 (Editores Dr. Milton Paz y Miño y Hugo Romo Castillo). 2010. Quito: Ediciones Fournier.
• Naranjo, Plutarco. 2002. La Academia ecuatoriana de Medicina. En: “El Cóndor, La Serpiente y El Colibrí. La OPS/OMS y la Salud Pública en el Ecuador del Siglo XX” (editores: Rodrigo Fierro Benítez, César Hermida Bustos, Edmundo Granda, Héctor Jarrín Valdivieso y Raúl López Paredes). Quito: Monsalve Moreno Cía. Ltda. ISBN 9978-967-16-8
• Academia Ecuatoriana de Medicina. Estatuto, Reglamento y Reglamento del Comité Independiente para la investigación de la Academia Ecuatoriana de Medicina. 2004. Quito.
• Academia Ecuatoriana de Medicina. Estatuto, Reglamento y Reglamento del Comité Independiente para la investigación de la Academia Ecuatoriana de Medicina. 2004. Quito.
• Alvear, José Miguel. 2008. Historia de la Academia Ecuatoriana de Medicina. Tomo I. Quito: Imagen Gráfica.
• Libro en Homenaje al Dr. Plutarco Naranjo Vargas (Compilador: Dr. José Miguel Alvear). 2011. Academia Ecuatoriana de Medicina. Quito: PPL Impresores.

• https://www.aemweb.org