La Iglesia de los Santos Justo y Pastor se construyó en el año 414, sobre el lugar donde fueron ejecutados los Santos Niños, para albergar y venerar sus restos. Entre 1254 y 1261 se creó el cargo eclesiástico de abad, mediante una bula del papa Alejandro IV. Esta dignidad se elegía anualmente entre el "cabildo de los clérigos de la villa", cuya principal función era representar a todo el clero existente en la población.^[1]​^[2]​

El 12 de octubre de 1479, mediante bula del papa Sixto IV, la iglesia se erige en Colegiata por petición del arzobispo de Toledo Alonso Carrillo de Acuña.^[3]​ Para su cabildo colegial se crean cinco dignidades (abad, capellán mayor, maestrescuela, tesorero y chantre) doce canonjías o canónigos y seis beneficiados o racioneros. El abad era la máxima dignidad eclesiástica de la ciudad, y ostentaba una serie de privilegios similares a las preeminencias que el deán de la Catedral de Toledo, que era la cabeza de la archidiócesis. El nombramiento del abad era responsabilidad exclusiva de los arzobispos de Toledo, potestad que se conservó hasta el Concordato de 1851. La dignidad abacial se mantenía hasta su fallecimiento, o por renuncia para acceder a otra dignidad eclesiástica de mayor rango.^[4]​

El Cardenal Cisneros fundó la Universidad Complutense o de Alcalá mediante tres bulas pontificias, concedidas por el papa Alejandro VI el 13 de abril de 1499.^[5]​^[6]​^[7]​^[8]​

Por bula del papa León X, de 10 de marzo de 1519, la Colegiata de Alcalá de Henares adquirió la categoría de "Iglesia Magistral". Por lo que los abades de San Justo y Pastor desempeñaron el cargo de Cancelarios o Cancilleres en el Colegio Mayor de San Ildefonso de la Universidad de Alcalá. Cisneros asumió la costumbre europea, según la cual los cancilleres de las universidades eran la máxima autoridad de la iglesia principal existente en la ciudad donde había estudios superiores. Así, se establece una intervención directa de la Iglesia Católica en la Universidad.

Tras el rector, el canciller era la siguiente figura universitaria en importancia. El primero se elegía anualmente entre los alumnos del Colegio Mayor; sin embargo el segundo era un cargo vitalicio del cabildo colegial. La función del canciller era otorgar los grados académicos universitarios por la autoridad apostólica que ostentaba, pero aparentemente no estaba bien especificada ni delimitada en las constituciones del Colegio Mayor de San Ildefonso. Por lo que, con el tiempo, dio lugar a enfrentamientos entre el rector y el cancelario, sobre todo al buscar la Universidad la independencia del rígido magisterio de la jerarquía eclesiástica.

El abad-canciller disfrutaba de importantes rentas económicas, constituidas por prebendas y beneficios eclesiásticos inherentes al cargo abacial, las "propinas" y emolumentos universitarios por razón del oficio de cancelario, y las rentas personales por fortuna de su linaje o por otras actividades eclesiásticas o universitarias.

Durante este periodo todos los abades de la Iglesia Magistral de los Santos Niños fueron cancilleres hasta el 29 de marzo de 1831, en que un breve del papa Gregorio XVI suprimió los cancelarios en España.^[9]​ ^[10]​

En 1991 se refundó la Diócesis de Alcalá de Henares mediante una bula del papa Juan Pablo II.^[11]​ Monseñor Mario Tagliaferri, como nuncio en España, ejecutó el decreto de creación de la nueva diócesis. Fue nombrado primer obispo de esta nueva etapa Manuel Ureña Pastor, que tomó posesión de la nueva sede el 13 de octubre de 1991, siendo elevada ese mismo día la iglesia Magistral al rango de Catedral.

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